El consumo de cocaína y/o cannabis durante el embarazo constituye un problema en ascenso, de importancia para la salud pública mundial. Los niños expuestos pueden presentar un amplio rango de complicaciones en el período perinatal, pero los conocimientos sobre la evolución posterior son escasos. Objetivo: Describir y comparar las trayectorias sanitarias de niños expuestos y no expuestos prenatalmente a cocaína y/o cannabis durante 4 años. Métodos: Estudio de cohorte retrospectivo con grupo de comparación doble. Los niños expuestos fueron detectados en el Servicio de Neonatología de un hospital público mediante una prueba de orina, entre 2009 y 2013. Resultados: Se evaluaron 29 niños expuestos y 58 no expuestos. Las principales drogas detectadas en el grupo expuesto fueron cocaína y cannabis. La mayoría de las madres fueron policonsumidoras. En los niños del grupo expuesto, se encontraron diferencias significativas en menor frecuencia de controles de salud (p < 0,0001) y mayor frecuencia de consultas en Emergencias (p = 0,0295) e Internaciones (p = 0,007), principalmente, por cuadros respiratorios. Presentaron, además, mayor frecuencia de enfermedad pulmonar obstructiva crónica, cambios de hogar y judicialización. En ese grupo, hubo 1 niño y 2 progenitores muertos por causa violenta. No hubo ninguna muerte en el grupo no expuesto. Conclusiones: Los niños expuestos a cocaína y/o cannabis prenatalmente tuvieron menor número de controles de salud y mayor frecuencia de consultas en Emergencias e Internaciones. Presentaron, además, mayor frecuencia de enfermedad pulmonar obstructiva crónica, cambios de hogar, judicialización y muertes violentas en el grupo familiar directo.