La pandemia por COVID-19 produjo aumento en los niveles de morbilidad y mortalidad a nivel mundial, la cual tuvo impacto directo en la atención y manejo en servicios de salud, ubicando a los profesionales sanitarios como actores principales en el tratamiento y afrontamiento en primera instancia al virus. Dado el alto índice de contagio, la falta de tratamiento específico y otra serie de variables, se ha descrito en trabajadores de la salud un aumento significativo en los síntomas asociados a malestar emocional y afectación de la salud mental. Se planteó un estudio mixto secuencial realizado en dos fases, con el objetivo de describir el malestar emocional de los trabajadores de la salud, en los servicios de hospitalización, urgencias y unidad de cuidados intensivos, en el Hospital Santa Clara de Bogotá. La primera etapa evaluó sintomatología de ansiedad y depresión a través de las escalas PHQ-8 y GAD-7, seguida por la comprensión de la experiencia mediante el análisis de contenido de los relatos expresados por los participantes. Se encontraron síntomas de ansiedad y depresión en niveles esperados para la población de estudio, apreciando un cambio importante en el malestar emocional del personal de salud, de acuerdo con los diferentes momentos de la crisis sanitaria compatible con un proceso adaptativo continuo, poniendo en evidencia la necesidad de generar planes de apoyo emocional en las entidades de salud, previniendo afectación en la salud mental de los trabajadores sanitarios.