A ocorrência de conflitos se estabelece dentro da frustração das expectativas em torno da ordem e das normas, sendo o sistema jurídico equalizador no equilíbrio e construção de princípios de conduta. O objetivo do trabalho foi analisar a ocorrência de conflitos pelo uso da água na região do Submédio e Baixo São Francisco, associados às alterações na qualidade da água e dinâmicas de uso e cobertura da terra. Utilizando o método complexo de Edgar Morin, diante da fundamentação de Luhmann, para apresentar os dados de conflitos institucionalizados no Brasil, entre 2016 e 2020. Os resultados apontam que as principais alterações que resultaram em conflitos estão associadas aos barramentos e às modificações da vazão, supressão de vegetação, alterações sedimentológicas, dano direto à qualidade da água e restrições de acesso aos recursos hídricos. Já as decisões e argumentos dos principais atores sociais envolvidos estão em torno dos fundamentos legais que regem as atividades, em alguns casos, assumindo riscos de frustrações. Conclui-se que, há demanda de agrupamento e integração dos dados para auxiliar na prática do direito, principalmente considerando que a bacia hidrográfica analisada é federal e requer investigação transdisciplinar dos fenômenos.