La pandemia del COVID-19 y las medidas preventivas que se adoptaron han tenido un amplio abanico de consecuencias que trascienden los problemas de salud para la población de muchas ciudades del mundo. Con el propósito de entender por qué los impactos en la vida de los habitantes resultaron tan diferentes dentro de la ciudad, nos interesamos en las vulnerabilidades socio-espaciales preexistentes, tomando como ejemplo las metrópolis de Lima y Bogotá. Indagamos por la relación entre estructura urbana, patrones de movilidad cotidiana y efectos del COVID-19 durante las cuarentenas del 2020. Adoptamos para ello un enfoque multidimensional que se sustenta en datos censales, en las últimas encuestas origen-destino disponibles y en los niveles de contagio en ambas ciudades durante el 2020. Con base en un análisis factorial y un análisis de conglomerado, proponemos una tipología y un mapa sintético de los factores de vulnerabilidad preexistentes. Los resultados permiten entender el rol de estos factores en las dificultades que tuvieron los habitantes para enfrentar la cuarentena, así como la razón por la cual aquellos que moran en los barrios periféricos de bajos ingresos sufrieron las peores alteraciones en su cotidianidad.