Introducción: Las condiciones vulnerables de salud bucal de los infantes peruanos justifican la necesidad de implementar medidas preventivas que puedan contribuir a su bienestar y calidad de vida. Objetivo: Comparar el costo-efectividad de dos intervenciones preventivas basadas en la aplicación de Flúor Diamino Plata versus Ionómero de Vidrio en escolares de dos Instituciones Educativas de Primaria en Pimentel, Perú. Pacientes y Métodos: En base a un estudio cuasi-experimental y longitudinal, fue comparado el costo-efectividad de dos materiales preventivos, aplicados en primeras molares permanentes. Luego de 48 meses de seguimiento entre junio 2021 y agosto 2023, a 187 escolares se determinaron resultados con las pruebas de Kruscall Wallis y Wilcoxon, con un nivel de confianza del 95%. Resultados: No fue posible encontrar diferencias entre los escolares de las Instituciones Educativas San Isidro y Santa Julia, al evaluar primeras molares sanas y cariadas luego de las intervenciones preventivas. Sin embargo, se determinó significancia al evaluar el costo – efectividad comparando el antes y después de la intervención con Ionómero de Vidrio aplicado a los 34 escolares de la institución educativa San Isidro, justificándose la inversión de $59,84, sucediendo lo mismo al aplicarse Flúor Diamino Plata en los 23 participantes del colegio Santa Julia, con una inversión de $50,14. Conclusiones: Al comparar los dos materiales preventivos no se determinaron diferencias significativas, lo cual si sucedió con el ionómero de Vidrio en el colegio San Isidro y el Flúor Diamino Plata en la escuela Santa Julia, determinándose una relación de costo – efectividad satisfactoria en ambos casos.