Objetivo. Describir los gastos en medicamentos en los pacientes usuarios de la Unidad de MedicinaComplementaria San Juan de Lurigancho durante el periodo de enero a julio de 2009. Materiales y métodos. Estudio descriptivo. Se evaluaron las historias clínicas electrónicas de 40 pacientes atendidos en  la Unidad de Medicina Complementaria (UMEC) San Juan de Lurigancho, atendidos en los meses de enero a julio del año 2009. Se calcularon los gastos por medicamentos mediante los costos unitarios proporcionados por el software de Sistemas, Aplicaciones y Productos en Procesamiento de datos (SAP), se calculó un promedio mensual de gastos antes y después de iniciar tratamiento en los servicios de medicina complementaria. Resultados. Diecisiete pacientes (42,5%) tuvieron tres atenciones y 16 (40,0%) tuvieron dos atenciones previas al inicio de terapias complementarias. El gasto promedio mensual, después de tres atenciones en los servicios de medicina complementarias, fue de 278,82 ± 39,66 soles. La diferencia promedio mensual de gastos después de iniciar consultas con los servicios de medicina complementaria fue de 120,35±24,73 soles. Conclusiones. El gasto en medicamentos después de tres atenciones en los servicios de medicina complementaria de la UMEC Vitarte representa un 30% menos, en comparación a los gastos realizados en el Servicio de Medicina Convencional del Hospital I Aurelio Díaz Ufano. Se recomienda realizar estudios con una mejor metodología para determinar el impacto económico de estos servicios en el sistema de salud.