O pão de queijo é um produto alimentício tradicional de Minas Gerais e a adição de ingredientes diferenciados a ele contribui com a melhoria na qualidade nutricional. A chia (Salvia hispanica L.) e linhaça (Linum usitatissimum L.) são sementes fontes naturais de ômega-3, fibras e proteínas. Nesta perspectiva, no presente trabalho, desenvolveu-se pães de queijo acrescidos de chia e linhaça a fim de contribuir significativamente para a melhoria do valor nutricional. Desenvolveu-se três tipos de pão de queijo, sendo: tradicional (PQT), de chia (PQC) e linhaça (PQL), que foram analisados sensorialmente quanto a aceitação, preferência e intenção de compra e por métodos instrumentais quanto a cor e textura. O PQT apresentou melhor aceitação pelos provadores com destaque para odor, cor, sabor e impressão global. Para o teste de intenção de compra, o PQT foi o que obteve maiores notas, seguido do PQL e PQC. O valor de ΔE* foi de 21,89, evidenciando que o olho humano é capaz de perceber a diferença na coloração entre as formulações. Os maiores valores de firmeza foram para os PQL (27,18 N) e PQC (25,74 N) que diferiram estatisticamente do PQT que apresentou firmeza igual a 21,53 N. Quanto ao teste de ordenação verificou-se que não houve diferença significativa de preferência entre as amostras. Os pães de queijo acrescidos de chia e linhaça apresentaram aceitação tão boa quanto o tradicional, podendo ser utilizados como alternativas promissoras a pessoas que buscam uma alimentação saudável já que, além de não conterem glúten, apresentam alto valor nutricional.