2012
DOI: 10.1186/1756-0500-5-183
|View full text |Cite
|
Sign up to set email alerts
|

Design of high-performance parallelized gene predictors in MATLAB

Abstract: BackgroundThis paper proposes a method of implementing parallel gene prediction algorithms in MATLAB. The proposed designs are based on either Goertzel’s algorithm or on FFTs and have been implemented using varying amounts of parallelism on a central processing unit (CPU) and on a graphics processing unit (GPU).FindingsResults show that an implementation using a straightforward approach can require over 4.5 h to process 15 million base pairs (bps) whereas a properly designed one could perform the same task in … Show more

Help me understand this report

Search citation statements

Order By: Relevance

Paper Sections

Select...
1
1
1

Citation Types

0
1
0
2

Year Published

2014
2014
2024
2024

Publication Types

Select...
3
2
2

Relationship

0
7

Authors

Journals

citations
Cited by 10 publications
(3 citation statements)
references
References 22 publications
0
1
0
2
Order By: Relevance
“…Неучтённые перекодированные абзацы, признанные однородными, как правило, имели недостаточную длину для статистического анализа. При выявлении 5-регулярности в неоднородных бинарных текстах перекодированных абзацев, как и в CDS генома человека, для порогового значения индекса 5-регулярности 5 I было выбрано значение, равное 0.7.…”
Section: исследование Shoc-модели на примере бинарного перекодированиunclassified
See 1 more Smart Citation
“…Неучтённые перекодированные абзацы, признанные однородными, как правило, имели недостаточную длину для статистического анализа. При выявлении 5-регулярности в неоднородных бинарных текстах перекодированных абзацев, как и в CDS генома человека, для порогового значения индекса 5-регулярности 5 I было выбрано значение, равное 0.7.…”
Section: исследование Shoc-модели на примере бинарного перекодированиunclassified
“…Вследствие чего, благодаря различным косвенным результатам анализа генов и кодирующих последовательностей ДНК (CDS), широкое распространение получила гипотеза о наличии в них периодичности в 3 основания. Многие математические методы выявления генов и кодирующих районов ДНК пытались использовать эту гипотезу [1][2][3][4][5]. Появляются предположения об особенностях структуры кодирующих последовательностей ДНК, являющихся причиной скрытой триплетной периодичности, например, [6][7][8].…”
Section: Introductionunclassified
“…Depending upon the true and false splice site class label, the desired output level was set to +1 and -1. We used MATLAB [60] for implementation of the support vector machine.…”
Section: Model Learningmentioning
confidence: 99%