Detection of Respiratory Viruses by Molecular Methods

Abstract

SUMMARY Clinical laboratories historically diagnose seven or eight respiratory virus infections using a combination of techniques including enzyme immunoassay, direct fluorescent antibody staining, cell culture, and nucleic acid amplification tests. With the discovery of six new respiratory viruses since 2000, laboratories are faced with the challenge of detecting up to 19 different viruses that cause acute respiratory disease of both the upper and lower respiratory tracts. The application of nucleic acid amplification technology, particularly multiplex PCR coupled with fluidic or fixed microarrays, provides an important new approach for the detection of multiple respiratory viruses in a single test. These multiplex amplification tests provide a sensitive and comprehensive approach for the diagnosis of respiratory tract infections in individual hospitalized patients and the identification of the etiological agent in outbreaks of respiratory tract infection in the community. This review describes the molecular methods used to detect respiratory viruses and discusses the contribution that molecular testing, especially multiplex PCR, has made to our ability to detect respiratory viruses and to increase our understanding of the roles of various viral agents in acute respiratory disease.

Viral etiology of acute respiratory infections among children under 5 years of age in Bulgaria, during the 2013/2014 and 2014/2015 seasons

“…Acute respiratory infections are associated with an enormous number of outpatient visits and hospitalizations, and represent a substantial health care burden. A wide range of different viruses cause respiratory tract diseases of varying severity, as members of the family Orthomyxoviridae -influenza viruses, the family Paramyxoviridae -respiratory-syncytial ___________________________ virus (RSV), human metapneumovirus (HMPV), human parainfluenza viruses (HPIV) and the Picornaviridae family -human rhinoviruses (HRV), are among the most common causative agents (2,3).…”

Bacteriemia oculta en niños atendidos en el Complejo Asistencial Dr. Sótero del Río: Experiencia post vacuna neumocóccica conjugada

“…Si el paciente no tiene foco y está en buenas condiciones generales, Respecto al diagnóstico de infección respiratoria viral, es importante mencionar que el examen se realizó en pacientes sin sintomatología respiratoria evidente y eso explica, probablemente, el alto número de pacientes con IFD positiva para ADV, causante a veces, de cuadros úni-camente febriles. Existe bastante evidencia en la literatura médica, que demuestra la sensibilidad y especificidad de los métodos moleculares muy por sobre la IFD (88 y 98% vs 68 y 70%, respectivamente) [19][20][21][22][23][24][25] . Gharabaghi y cols., compararon el rendimiento de cuatro ensayos comerciales de reacción de polimerasa en cadena-RPC con IFD y aislamiento viral en 750 hisopados nasofarín-geos de pacientes pediátricos, obteniendo un porcentaje de positividad adicional de 28,5%, lo que se traduce en un incremento de la sensibilidad de detección de virus respiratorios en niños, de 74,3% sobre la IFD y el cultivo viral 20 .…”

“…El microorganismo recuperado con mayor frecuencia desde hemocultivos de niños con BO probable fue S. pneumoniae y como era de esperar, fue menos frecuente, aunque estadísticamente no significativo, en el grupo de niños protegidos. Estudios como el de Kaiser Permanente describe el gran impacto de la PCV7 en niños entre 3 y 36 meses ambulatorios con bacteriemia por S. pneumoniae, con marcado descenso de su incidencia en Carolina del Norte [8][9][10][11][12][13][14][15][16][17][18][19][20][21][22][23][24][25][26][27] . En nuestro estudio es destacable que los pacientes protegidos y parcialmente protegidos, presentaron ENI por serotipos no vaccinales, mientras que los no protegidos tuvieron infecciones tanto por serotipos vaccinales como no vaccinales.…”

Diagnosis of influenza viruses with special reference to novel H1N1 2009 influenza virus

“…One such assay the xTAGTM RVP test was developed in 2005 immediately following SARS and H5N1 infl uenza and was designed to detect and type the three infl uenza A subtypes circulating at that time viz. H1, H3 and H5 [21,22].…”