Sampel ikan tuna sirip kuning, T. albacares diambil dari tiga lokasi (perairan Bali, Sulawesi Utara, dan Maluku Utara) dan dilakukan analisis variasi genetik dengan metode elektroforesis allozyme menggunakan 15 enzim dan mt-DNA dengan 4 enzim restriksi. Hasil penelitian ini diperoleh 4 lokus enzim polimorfik yaitu: Idh-*2 (isocitrate dehydrogenase), Gpi-2* (glucose phoshate dehydrogenase ), Mdh-1* (malat e dehydrogenase), dan Est-1* (esterase). Frekuensi alel allozyme terlihat adanya perbedaan yang nyata (Fst = 0,12; P<0,05) antar lokasi yaitu Bali (A, B, C, D), Sulawesi Utara dan Maluku Utara (A, B, C). 15 komposit haplotipe ditemukan pada populasi Bali, Sulawesi Utara, dan Maluku Utara. Haplotype diversity pada populasi Bali 0,886; Sulawesi Utara 0,790; dan Maluku Utara 0,785; dengan rata-rata dari haplotype diversity adalah 0,857. Jarak genetik dari ketiga populasi berkisar antara 0,003--0,023 (rata-rata 0,016). Populasi Maluku Utara dan Sulawesi Utara mempunyai jarak genetik terdekat yaitu 0,003. Hal ini merupakan indikator bahwa Sulawesi Utara dan Maluku Utara sering digunakan sebagai jalur migrasi dengan adanya kesamaan alel yang ditemukan pada kedua populasi tesebut, jika dibandingkan dengan populasi Bali (0,023).