Sont considérés dans cette étude, l’impact des rejets polluants d’origines urbaine et industrielle sur la qualité des eaux du Mfoundi, l’abondance, la richesse spécifique et la structure des communautés diatomiques qui peuplent ce cours d’eau. Le calcul du pourcentage de taxons tolérants à la pollution organique a permis d’évaluer la réponse de ces algues à l’enrichissement du milieu en matières organiques. Les analyses physico-chimiques des eaux mettent en évidence l’existence d’un gradient de pollution croissant de l’amont à l’aval de la rivière. Le cours supérieur présente des eaux turbides avec des teneurs élevées de matières en suspension. Les cours moyen et inférieur sont fortement contaminés par les matières organiques qu’apportent les eaux usées domestiques et les effluents industriels qu’ils reçoivent. Au total, 237 taxons de diatomées épilithiques, majoritairement cosmopolites, appartenant à 39 genres répartis dans 25 familles, ont été inventoriés. Le développement dans le cours supérieur du Mfoundi de taxons tels que Gomphonema parvulum (Kützing) Kützing et variétés, Gomphonema gracile Ehrenberg et Navicula radiosa Kützing, est associé essentiellement à la turbidité des eaux de ce tronçon. La distribution de Nitzschia palea (Kützing) W. Smith, Navicula geoppertiana (Bleisch) Grunow, Navicula mutica Kützing et Pinnularia subcapitata Gregory dans les cours moyen et inférieur est étroitement liée à la charge organique et la forte minéralisation des eaux. N. palea est l’espèce la plus abondante dans les stations Mf5 (66 %) et Mf6 (53 %), indiquant une importante pollution organique de ces sites sous l’effet des rejets des industries brassicoles et vinicoles opérant dans leur voisinage. La variation spatiale de la diversité spécifique n’a pas souligné toute l’ampleur de l’altération de la qualité des eaux; toutefois, l’analyse du pourcentage de taxons polluo-tolérants révèle que les apports graduels en nutriments et en matières organiques dans les cours moyen et inférieur contribuent à l’eutrophisation progressive de ces secteurs. Il est montré que les diatomées épilithiques sont sensibles à la variation de la qualité de l’eau du Mfoundi, et peuvent être utilisées comme bioindicateurs de l’état de santé des cours d’eau urbains du Cameroun.