ABSTRAKPenelitian ini bertujuan mengkaji keragaan fenotipe warna tubuh dan genotipe calon induk (F-0) ikan clown (Amphiprion sp.) strain black percula. Sebanyak 36 ekor calon induk ikan clown black percula diperoleh dari populasi budidaya Balai Perikanan Budidaya Laut (BPBL) Ambon yang memiliki persentase penutupan hitam tinggi. Warna dianalisis dengan teknik analisis gambar digital menggunakan software ImageJ 1.50f. Gambar digital didokumentasikan menggunakan kamera Canon EOS 600D. Keragaan warna diamati menurut pola, persentase penutupan, dan jenis (profil) warna digital. Konversi nilai mean red (R), mean green (G), dan mean blue (B) menjadi nilai mean Hue (H), mean Saturation (S), dan mean Brightness (B) dilakukan dengan bantuan Color Picker (Foreground Color) pada software Adobe Photoshop versi 12.0 x64. Keragaan genotipe dianalisis dengan teknik RAPD. Heterozigositas dan persentase polimorfisme dikalkulasi menggunakan software TFPGA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa calon induk ikan black percula generasi F-0 memiliki pola warna yang bervariasi dengan persentase penutupan warna hitam berkisar 47%-63%. Jenis warna digital hitam dikarakterisasi oleh nilai H: 240º-20º, S: 4%-48%, B: 10%-26%; putih (H: 0º-300º, S: 1%-7%, B: 48%-69%); dan oranye (H: 15º-25º, S: 73%-91%, B: 40%-64%). Analisis RAPD menunjukkan bahwa primer OPA-18 menghasilkan tiga fragmen (berukuran 600-3.000 bp); OPZ-9 sebanyak lima fragmen (berukuran 500-2.500 bp); dan OPZ-5 sebanyak tiga fragmen (berukuran 400-3.000 bp). Heterozigositas dan persentase polimorfisme termasuk cukup tinggi, yakni 0,3060 dan 88%. Untuk mendapatkan strain warna black percula yang diinginkan, tahap seleksi lebih lanjut diperlukan untuk meningkatkan persentase penutupan warna hitam, serta memperoleh pola warna putih unik.