O presente trabalho tem por objetivo analisar as questões de Ciências da Natureza de provas do Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM), quanto às competências e habilidades determinadas pela Matriz de Referência do ENEM (MR-ENEM), e avaliar a abordagem dos livros didáticos (LD) de Biologia aprovados pelo Programa Nacional do Livro Didático (PNLD) 2018 sob essa mesma óptica. Para tanto, as questões que envolviam Biologia das provas do ENEM de 2018 e 2019 foram classificadas quanto ao tema e subtema abordados e avaliadas quanto às competências e habilidades requeridas. Também foram analisados os três LD de Biologia do PNLD 2018 mais utilizados em escolas públicas brasileiras. Ecologia e Poluição foram, respectivamente, o tema e o subtema mais presentes nas provas analisadas. Para resolução das questões, diversas competências e habilidades foram requeridas, com destaque para a competência C3 e para as habilidades H10 e H12. Nos LD analisados, destacaram-se os materiais complementares sobre temas atuais, recursos visuais diversos e atividades. Não foram encontradas questões multidisciplinares. Nas obras avaliadas, apresentaram-se abordagens bastante distintas em relação às competências e habilidades. Evidencia-se, assim, que são necessários esforços para que o Ensino Médio efetivamente ofereça ao aluno oportunidades de desenvolver competências e habilidades por meio de um ensino interdisciplinar, contextualizado e voltado à resolução de situações-problema aplicáveis ao seu cotidiano.