Este estudo cientométrico de nível macro teve como objetivo analisar as semelhanças e as diferenças nos padrões de comunicação científica dos programas de pós-graduação brasileiros (PPGs) da área de Ciências Biológicas II, avaliados pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). Além disso, foram identificadas as doenças mais pesquisadas e foi discutido sua relação com as necessidades de saúde pública brasileira, considerando a carga de doenças (Disability-Adjusted Life Year - DALY, Brasil) estimada pela Organização Mundial da Saúde (OMS). Assim, a produção científica das subáreas Biofísica, Bioquímica, Farmacologia, Fisiologia e Morfologia da área de Ciências Biológicas II foi avaliada de 2013 a 2016, considerando o impacto de citações, o Fator de Impacto (Journal Citation Reports) e a colaboração científica. Os dados coletados incluíram informações declaradas à CAPES por todos os PPGs por meio da Plataforma Sucupira, bem como metadados de documentos da Web of Science. Além disso, foram utilizados os cabeçalhos de Medical Subject Headings (PubMed) para a análise das doenças pesquisadas. Concluímos que os padrões de comunicação científica entre as subáreas Biofísica, Bioquímica, Farmacologia, Fisiologia e Morfologia foram predominantemente diferentes. Assim, é necessário considerar as especificidades entre as cinco subáreas no processo de avaliação realizado pela CAPES. Diferentes abordagens são reveladas a partir da identificação das doenças mais pesquisadas e da explicação das contribuições de cada subárea para a saúde pública brasileira.