Plankton dalam perairan memiliki peranan yang penting sebagai produsen serta penyuplai nutrisi maupun indikator lingkungan. Struktur komunitas dan faktor pendukung lingkungan berpengaruh terhadap keadaan ekosistem perairan budidaya serta pengaruhnya pada komoditas budidaya. Penelitian ini membahas mengenai struktur komunitas plankton pada air kolam lele yang berbeda warna. Kolam yang digunakan adalah kolam budidaya lele air hijau di Kalasan, cokelat di Prambanan, dan merah di Berbah, Sleman. Parameter kualitas air yang meliputi pH, suhu, bahan organik, dan oksigen terlarut diukur sebanyak 3 kali setiap 2 minggu sekali dan kadar nitrat, nitrit, amonia diukur pada saat awal sampling. Pengambilan sampel plankton dilakukan dengan menggunakan plankton net sebanyak 3 kali setiap 2 minggu sekali. Jenis dan jumlah plankton diamati secara mikroskopis. Penentuan jenis plankton dilakukan dengan membandingkan ciri-ciri yang tampak dengan literatur. Dominansi plankton, diversitas plankton, kepadatan serta pengaruh kualitas air terhadap struktur komunitas plankton dianalisis secara statistik. Hasil pegamatan menunjukan plankton yang mendominansi adalah Chlorophyta dengan nilai indeks diversitas maupun dominansi di semua jenis kolam tergolong rendah-sedang. Berdasarkan uji statistik menunjukkan kualitas air yang berpengaruh terhadap struktur komunitas plankton adalah bahan organik, amonia, dan nitrit. Struktur komunitas plankton pada air kolam berbeda warna menunjukkan terdapat 15 filum yang terdiri dari 32 kelas. Plankton yang dominan pada kolam warna air hijau adalah Microcystis aeruginosa, sedangkan kolam cokelat dan merah adalah Chlorella varigatus. Nilai diversitas dan dominansi pada ketiga warna air cenderung stabil moderat, karena termasuk dalam kategori sedang yang menunjukan kondisi kolam tergolong stabil dan baik untuk budidaya.