Cordia trichotoma es una especie nativa que está siendo evaluada para diferentes sistemas forestales. El hecho de que los individuos empleados en las plantaciones posean algún grado de mejoramiento genético tiene muchas ventajas; para lograr este mejoramiento es fundamental la obtención de genotipos superiores, a fin de obtener un mejor rendimiento del producto final. El objetivo del presente estudio fue estimar la divergencia genética de progenies de C. trichotoma en dos diferentes condiciones de textura de suelo, por medio de caracteres fenotípicos. El diseño experimental fue bloques completos al azar, un árbol por parcela con 40 (área 1) y 34 (área 2) repeticiones, con espaciamiento de 3,0 m × 3,0 m. Los caracteres evaluados fueron: diámetro a altura del pecho, altura total de plantas, diámetro de cuello y altura del primer verticilo. Para estimar la divergencia genética y el agrupamiento de Tocher fue utilizado el método REML/BLUP. Las distancias entre las progenies en el área 1 fueron de 2,13 y 47,74 (17 y 15), en el área 2 las distancias entre las progenies fueron de 3,64 (9 y 15) y 48,28 (12 y 7). Las progenies formaron diez y cuatro grupos distintos (área 1 y área 2). Los caracteres que más contribuyeron para divergencia genética fueron diámetro a la altura del pecho-2016 (14,65%) área 1, y altura total de plantas-2014 (14,32%) área 2. Las progenies de C. trichotoma presentaron alta divergencia genética. En programas de mejoramiento, se recomienda el cruzamiento entre progenies de los grupos más divergentes para priorizar la ganancia con selección de los genotipos más productivos.