Objetivo: Identificar e comparar o perfil epidemiológico e clínico de crianças com desconforto respiratório que realizaram teste rápido para VSR e/ou swab para o vírus H1N1 entre 2016 e 2017. Métodos: Os dados foram coletados do livro de controle dos testes para VSR e prontuários em um hospital no interior de São Paulo. Foram incluídas crianças menores de dois anos, com desconforto respiratório, que realizaram o teste para VSR e/ou swab para o vírus H1N1, de abril a junho de 2016 e 2017. Para análise estatística foram utilizados os testes Exato de Fisher e Mann-Whitney (significativo P=<0,05). Resultados: Em 2016, 84 crianças foram incluídas, com idade média de 6.1 meses, 42.9% apresentaram VSR positivo. Destas, 33.3% (P=0.0010) internaram na UTI, com tendência de maior uso (P=0.0933) e tempo em ventilação mecânica (P=0.0456). Em 2017, foram incluídas 165 crianças, com média de idade de 6.4 meses, 49.1% apresentaram VSR positivo. Destas, 86.1% (P=0.002) foram diagnosticadas com bronquiolite, 24.7% (P=0.031) utilizaram inalação hipertônica e 56.8% (P=0.016) oxitenda. Conclusão: A incidência do VSR foi maior em 2017, embora, em 2016, os pacientes com VSR positivo tenham internado com maior frequência em UTI, apresentando tempo mais prolongado e uso mais frequente da ventilação mecânica.