O objetivo deste artigo é analisar a percepção dos discentes de medicina sobre a utilização de metodologias ativas em sua formação acadêmica. Trata-se de um estudo qualitativo, utilizando-se a aplicação de questionário on-line, contando com a participação de 140 estudantes do curso de Medicina de uma universidade federal brasileira. Os resultados revelam que, para a maioria dos/as estudantes, as metodologias ativas constituem uma experiência inovadora a qual exige um período de adaptação inicial, mas que se mostra capaz de contribuir efetivamente para o aprendizado e formação crítica dos sujeitos, preparando-os de forma adequada para a atuação profissional. Os/as discentes destacaram como principais vantagens dessas metodologias: a capacidade de estimular o autoestudo; o desenvolvimento de um sujeito crítico-reflexivo e o dinamismo do processo educacional; e como fragilidades: a exigência de maturidade discente; lacunas no processo de ensino; carência de suporte no processo de adaptação e insegurança quanto à aprendizagem. Ouvir os/as estudantes revelou a necessidade de transformações epistemológicas em relação às posturas de todos os sujeitos do processo de ensino-aprendizagem, exigindo permanente reflexão e crítica à prática educativa para seu aprimoramento.