Los sistemas complejos están conformados por diferentes estructuras y componentes que interactúan entre sí, dando lugar a propiedades emergentes y a patrones que no se pueden comprender estudiando solamente sus partes de forma aislada. Los procesos interdisciplinarios y transdisciplinarios son una alternativa para su abordaje, que supone superar la forma fraccionada y reduccionista de comprender el mundo. Este artículo presenta el análisis causal estratificado (CLA, por sus siglas en inglés) como estrategia para el trabajo inter y transdisciplinario y se exploran sus contribuciones y desafíos a partir de su aplicación para abordar el problema de los residuos sólidos urbanos en Montevideo, Uruguay, en tres contextos diferentes: un taller en el que participaron académicos de diversas disciplinas, otro taller realizado con actores territoriales y una tesis de maestría. Estas experiencias muestran la versatilidad de la metodología y exponen la necesidad de implementar estrategias de facilitación del diálogo en los talleres, de contemplar procesos de investigación-acción más extendidos en el tiempo y de imaginar nuevos formatos de trabajo de tesis de posgrado. Se discute, a su vez, a partir de la experiencia, la posibilidad de la metodología de apoyar contextos de enseñanza e investigación en el marco de procesos de extensión universitaria, pudiendo ser una estrategia “puente” entre la investigación y la acción.