Para conocer el estado de salud de los arrecifes se han creado protocolos que permiten evaluar indicadores ecológicos sobre grupos focales de organismos que habitan en ellos. En este estudio se propone una escala específica, de clasificación y puntaje de condición de salud, para seis indicadores ecológicos (densidad, número de especies por transecto, cobertura, muerte antigua, muerte reciente y densidad de reclutas) de la comunidad de corales del Parque Nacional Jardines de la Reina. Se estudiaron 29 sitios de buceo autónomo SCUBA, situados en escarpes poco profundos y designados como sitios de referencia, que fueron comparados con otros 52 sitios no utilizados para el buceo. También se estudiaron 27 crestas de arrecifes, usando como sitio de referencia la más conservada del área de estudio (La Puntica). Se aplicó la prueba no paramétrica de Kruskal Wallis y se realizó un análisis de frecuencia a través del programa Statistica 7. Para los indicadores ecológicos evaluados se propusieron cambios en la escala específica, con respecto a la sugerida para Cuba y el Gran Caribe, adecuando los niveles de la nueva escala a valores obtenidos en un análisis integral y teniendo en cuenta, fundamentalmente, los sitios de referencia. Con una condición de “Muy buena”, se clasificó la densidad con valores >20 colonias 10 m-1 en escarpes y >14 colonias 10 m-1 en crestas. El número de especies, >10 en escarpes y ≥6 en crestas. La cobertura >30 % para ambos hábitats. Muerte antigua ≤10 % para ambos hábitats. Mortalidad reciente, ≤1 % para ambos hábitats. Densidad poblacional de reclutas, >20 reclutas m-2 en escarpes y >10 reclutas m-2 en crestas. Se recomienda la creación de una escala específica de clasificación y puntaje para la condición de salud en cada AMPs, que permitiría realizar acciones de manejo acorde a características intrínsecas de sus arrecifes coralinos.