Las altas temperaturas, precipitaciones inesperadas, sequías e inundaciones prolongadas, junto con otros factores derivados de la variabilidad climática, generan un gran riesgo en la sostenibilidad de los sistemas de producción agrícola, principalmente de los pequeños productores. Sin embargo, la alta capacidad de adaptación que tendrían algunos recursos genéticos nativos frente a condiciones adversas, como las descritas, pueden representar una estrategia interesante que los pequeños productores podrían usar, junto con otras acciones, para mejorar la productividad y garantizar la seguridad alimentaria. Este trabajo se realizó en el 2022 en la región colombiana La Mojana, bajo una estructura experimental completamente al azar con tres repeticiones con las que se evaluó la respuesta fisiológica de especies criollas hortícolas, transitorias y perennes, seleccionadas por comunidades de pequeños productores y población indígena zenú, ante condiciones simuladas y temporales de inundación y sequía. Los resultados principales indicaron que, en términos generales, las respuestas fisiológicas de las especies hortícolas sugieren que estas fueron muy sensibles a la inundación, pero que, bajo condiciones de sequía moderada, es posible esperar una recuperación. Los arroces, considerados como especies transitorias, indicaron —como era de esperarse— que las condiciones de humedad los favorecen, pero, además, que las variedades chombo y LV podrían recuperarse de un estrés moderado por sequía, lo cual no sucedería con el genotipo denominado bogotano. Por último, en las especies perennes, a pesar de mostrar una reducción en sus tasas de intercambio gaseoso cuando fueron sometidas a cualquiera de los dos tipos de estrés, estos valores fueron nuevamente normales cuando entraron en la fase de recuperación. Por esto, se puede concluir que los pequeños productores agrícolas de La Mojana tienen recursos fitogenéticos nativos que presentan una estrategia para recuperarse de condiciones adversas como la inundación y las sequías moderadas, características de importancia para la adaptación a la variabilidad climática de sus sistemas productivos agrícolas.