El principal objetivo de esta investigación es evaluar el rol de la universidad en la cooperación (triple hélice) entre universidad, empresa, y gobierno en el sistema regional de innovación de Arequipa (Perú). Se entrevista a siete directores de escuelas de posgrado y se aplica una encuesta a 265 estudiantes de posgrado matriculados en el periodo 2017-2018 en el área de ciencias sociales (derecho, administración, proyectos de inversión, economía, y ciencias histórico sociales). Los resultados muestran un incremento significativo de producción de conocimiento y el inicio de redes de investigación con la empresa y el gobierno. Se observa un cambio del modelo económico que impulsa la investigación y la innovación según la demanda de productos de exportación tradicional y no tradicional, sin embargo, son las barreras culturales las que ralentizan la dinámica de la triple hélice. Se concluye que las universidades regionales han incrementado la cantidad y calidad de investigadores, así como la producción de publicaciones e inversión en investigación.