В последние 2 десятилетия в Кыргызской Республике, как и в других странах СНГ, отмечается тенденция к ухудшению показателей здоровья детей школьного возраста. Результаты углубленных медицинских осмотров среди детского населения Кыргызской Республики за последние годы показали повышение уровня заболеваемости желудочно-кишечного тракта, болезней крови и кроветворных органов. По данным Национального Центра охраны материнства и детства Министерства здравоохранения Кыргызской Республики в 2012 г. по стране 43% детей страдали железодефицитной анемией, самый высокий показатель распространенности железодефицитной анемии среди детей отмечался в Чуйской области Кыргызской Республики, составляя 59%. Для предупреждения развития заболеваний детей имеет важное значение обеспечение их сбалансированным рациональным питанием. С целью определения заболеваемости учащихся общеобразовательных школ сельской местности Чуйской области с разной формой организации школьного питания изучена их общая заболеваемость, в том числе алиментарно-зависимая патология. По результатам исследования выявлены различия в состоянии здоровья школьников изучаемых модельных групп. Отмечена необходимость развития оптимизации школьного питания, совершенствования и повышения эффективности гигиенического обучения в школах в области рационального питания детей, профилактики алиментарно-зависимых болезней. Ключевые слова: заболеваемость, школьное питание, общеобразовательные школы, учащиеся, факторы риска, железодефицитная анемия, физическое развитие, анкетный опрос.