Introdução: A Técnica de Sedimentação Espontânea (TSE) é uma abordagem coproscópica para visualizar parasitas intestinais e identificar protozoários e helmintos. Objetivo: Identificar parasitas intestinais em amostras fecais de roedores por meio da TSE. Método: Após a eutanásia e coleta de amostras fecais, a TSE foi empregada, sendo feita a dissolução, filtragem e repouso das amostras, resultando em um sedimento que foi examinado microscópicamente. Resultados: Foram analisadas 26 amostras, que revelaram a presença de ácaros, nematóides, protozoários e leveduras. Esses organismos prejudicam a saúde dos roedores e são indicadores da quebra das barreiras sanitárias. Discussão: O controle sanitário reforça a integridade dos resultados científicos e protege a saúde dos animais de pesquisa. As infecções subclínicas refletem em mudanças comportamentais, respostas imunológicas e nos índices de crescimento e reprodutividade. Foram encontrados Syphacia spp., Entamoeba muris, Trichuris muris e Giardia spp., Balantidium sp., Candida spp.,Tritrichomonas muris e ovos de ácaros. Conclusão: A TSE é um método confiável e acessível, essencial para o controle parasitológico. Medidas de biossegurança são cruciais para garantir um ambiente isento de contaminações nos biotérios.