Resumo Este artigo tem por objetivo apresentar e analisar o perfil de governança institucional das 434 comissões intergestores regionais em funcionamento em 25 estados da federação brasileira. Os dados são da Pesquisa Nacional das Comissões Intergestores Regionais (CIR), um estudo censitário realizado nos anos de 2017 e 2018, e foram coletados por meio de um questionário aplicado aos coordenadores/diretores/presidentes das CIR. A composição do perfil das CIR foi realizada empregando uma matriz de análise especificamente desenvolvida para este estudo, que combina 23 variáveis organizadas em cinco atributos da governança interna dessas instâncias: legitimidade institucional, adesão e regularidade de funcionamento, qualidade da estrutura e condições de funcionamento, equilíbrio federativo e qualidade do processo decisório. Os resultados mostram, por um lado, um sistema de governança institucional intergestores consolidado em todo o território nacional, com significativa adesão das esferas estadual e municipal e regras de funcionamento definidas e publicizadas. Por outro, um complexo de instâncias caracterizadas por expressivas limitações de recursos financeiros, humanos e de infraestrutura de gestão e atuação concentrada em problemas emergenciais da gestão da rede de ações e serviços de saúde.