As Lentiviroses de Pequenos Ruminantes (LVPR) incluem a Maedi-Visna (MV) em ovinos e a Artrite Encefalite Caprina (CAE). Essas enfermidades estão difundidas no mundo e são responsáveis por grandes perdas na produtividade destes animais. Os LVPR são vírus RNA da subfamília Lentivirinae que causam uma infecção persistente, sendo a detecção precoce uma das formas mais eficientes para limitar sua disseminação no rebanho. Visando contribuir com essas questões, este experimento foi realizado na Universidade Federal do Piauí (UFPI) em parceria com a Embrapa Caprinos e Ovinos, com o objetivo de padronizar a técnica de ensaio imunoenzimático indireto e compará-lo com a imunodifusão em gel de agarose no diagnóstico da CAE. Foram utilizadas 696 amostras de soros de caprinos machos e fêmeas oriundas do banco de soros da Unidade de Pesquisa de LVPR do Centro de Ciências Agrárias da UFPI. As amostras foram coletadas no período de janeiro de 2007 a março de 2010. Na padronização, verificou-se que 0,25 µg de proteína/poço, diluição de 1:200 do soro e concentração de 1:3.000 do conjugado anticorpo anti-IgG cabra apresentaram os melhores resultados. O ponto de corte obtido foi de 0,36. Na comparação, o Imunodifusão em Gel de Ágar (IDGA) detectou 128 (18,4%) amostras positivas, e o ELISA indireto (ELISA-i), 259 (37,2%). A sensibilidade e a especificidade do teste ELISA-i com relação ao IDGA foi de 94,5% e 75,7%, respectivamente. Verificou-se maior índice de positividade em caprinos acima de seis meses (p < 0,05), e nos machos obteve-se prevalência de 56,7% em comparação às fêmeas, 35,4%, (p < 0,01).