A organização do trabalho pedagógico dos professores sofre os efeitos do agravamento da crise educacional provocada pela pandemia da COVID-19. Orientados a estruturarem seus trabalhos, excepcionalmente, por meio de atividades remotas, os professores vivenciam o desafio de planejarem novas reconfigurações que possam atender as necessidades de aprendizagem dos seus alunos. Observando essa problemática, o estudo objetiva identificar as mudanças e os desafios na organização do trabalho pedagógico do professor, considerando o planejamento, a reconfiguração do espaço-tempo de ensino-aprendizagem, as interações entre professor e alunos, no contexto do ensino remoto emergencial. Para isso optou-se por uma abordagem qualitativa, de caráter exploratório, fazendo uso do questionário como instrumento para coleta de dados, juntos aos professores da Educação Básica, da região do Médio Sudoeste da Bahia. Os dados foram analisados por meio da técnica de análise temática (BARDIN, 2010). Participaram 24 professores dos anos iniciais/finais do Ensino Fundamental e do Ensino Médio, das redes públicas e particulares. Os resultados apontaram que os professores precisaram reconfigurar a Organização do Trabalho Pedagógico (OTP) que passaram a incluir as interfaces digitais e impactou no aumento da jornada de trabalho e na necessidade de formação continuada. Estas e outras demandas do Ensino Remoto Emergencial (ERE), acabaram por desencadear desgastes físicos e mentais. O acompanhamento da gestão/coordenação junto ao trabalho dos professores foi intensificado, porém, houve uma significativa diminuição nos aspectos da interação e motivação, junto aos alunos, dado que revela condições de vulnerabilidade social e econômica dos nossos alunos e professores. Portanto, o ERE trouxe significativas mudanças na Organização do Trabalho Pedagógico dos professores.