Budidaya padi merupakan salah satu sektor pertanian yang menyumbang emisi gas rumah kaca terutama CH4. Upaya penurunan emisi gas CH4 pada penelitian ini yaitu mengintegrasikan komponen teknologi antara varietas, penggunaan pupuk dan irigasi berselang melalui metode budidaya System of Rice Intensification. Penelitian bertujuan untuk mengetahui pengaruh varietas dan pemupukan terhadap emisi gas CH4 selama satu musim tanam serta melakukan pemodelan simulasi untuk estimasi emisi CH4. Model yang digunakan adalah Denitrification-Decomposition (DNDC) berdasarkan parameter data input kondisi iklim, sifat tanah dan praktik manajemen pertanian (termasuk pemupukan, irigasi, pengolahan tanah, produksi biomassa). Rancangan yang digunakan yaitu Nested Design dengan dua faktor perlakuan yaitu pemupukan yang terdiri 1) Pupuk kandang dan MOL (P1) ; 2) Pupuk kandang, ZA, SP36 dan KCl (P2), dan perlakuan varietas diantaranya 1) Ciherang dan 2) IR-64. Hasil observasi menunjukkan bahwa perlakuan pemupukan P2-C menghasilkan total emisi CH4 13.41% lebih rendah daripada P1-C dan perlakuan P2-IR 39.43% dibanding P1-IR. Begitu pula hasil simulasi DNDC yang menunjukkan bahwa perlakuan pemupukan (P2) menghasilkan total emisi CH4 dari kedua varietas yaitu ciherang 53.57% dan IR-64 sebesar 58.74% lebih rendah dibanding permupukan (P1). Evaluasi model antara hasil observasi dan simulasi DNDC menunjukkan nilai R2 dan RMSE setiap perlakuan yaitu P1-C ; P1-IR ; P2-C dan P2-IR berturut-turut sebesar (R2 = 0.65 ; RMSE = 13.19) ; (R2 = 0.003 ; RMSE = 3.55) ; (R2 = 0.17 ; RMSE = 32.06) dan (R2 = 0.35 ; RMSE = 12.25). Sehingga dapat dikatakan bahwa hasil simulasi DNDC belum cukup memuaskan dan dibutuhkan kalibrasi.