A análise dos grupos funcionais fitoplanctônicos em sistemas aquáticos pode oferecer subsídios à conciliação dos usos múltiplos. Essa pesquisa investigou a variação sazonal desses grupos no reservatório de Itupararanga (SP). Quatro braços foram amostrados para determinação de temperatura da água, pH, Radiação Solar Fotossinteticamente Ativa Subaquática (RSFA), turbidez, fósforo total, nitrato e sólidos suspensos totais (SST), além da contagem e identificação do fitoplâncton e análise de dados meteorológicos. O estudo, realizado em agosto e outubro de 2009 e fevereiro de 2010, sugeriu variação sazonal dos grupos fitoplanctônicos (p*<0,05), com predominância de organismos Sn, X1, M e F (inverno), X1, Y, F e K (primavera) e X1, J, K e W2 (verão). No inverno e na primavera, as principais variáveis que influenciaram a abundância dos grupos foram SST (7,4 a 48,1 mg L-1) e turbidez (7 a 96 UT). No verão, foram determinantes pH (7,7 a 9,8), temperatura (27,8 a 29, 1 ºC) e RSFA (>1.000 µE m-2 s-1). Em face à significativa variabilidade ambiental dos braços do reservatório, pela influência dos rios tributários, e à predominância de grupos fitoplanctônicos característicos de ambientes eutróficos, recomenda-se seu contínuo monitoramento para evitar prejuízos aos usos do sistema aquático, sobretudo para abastecimento e recreação.