Evaluation of a new experimental kit for the extraction of DNA from bones and teeth using a non-powder method

Kitayama, Tetsushi; Ogawa, Yoshinori; Fujii, Koji; Nakahara, Hiroaki; Mizuno, Natsuko; Sekiguchi, Kazumasa; Kasai, Kentaro; Yurino, Noriko; Yokoi, Takeshi; Fukuma, Yoshiya; Yamamoto, Kenji; Oki, Toshimichi; Asamura, Hideki; Fukushima, Hirofumi

doi:10.1016/j.legalmed.2009.12.004

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“…Los resultados indican que la molécula conservó sus propiedades incluso después de 24 horas en la solución tampón de digestión, es decir que la composición de dicha solución, la temperatura de 56 °C y el tiempo, posibilitaron una digestión eficiente sin sacrificar la integridad del ADN y, además, se obtuvieron cantidades suficientes para lograr un perfil genético sin ganancia (drop-in) ni pérdida (drop-out) de alelos (Liu, et al, 2012;Kitayama, et al, 2010).…”

Section: Resultados Y Discusiónunclassified

“…En la Tabla 2S, https://www.raccefyn.co/index.php/raccefyn/ article/downloadSuppFile/527/2405, se muestra la cantidad de ADN recuperada después de la extracción de 0,05 y 1 g de material pulverizado. Los resultados al aumentar la cantidad de material pulverizado a 1 g con el método de perlas magnéticas (PrepFiler™) y, en general para todos los métodos, fue similar al obtenido en los estudios preliminares, es decir, cuanto mayor la cantidad de material pulverizado mayor la del ADN recuperado, lo cual concuerda con otros reportes (Kitayama, et al, 2010). Lo más valioso de este resultado radica en que el uso de un sistema de digestión diferente al sugerido por el PrepFiler Express TM BTA Kit del sistema Automate Express TM , resultó igualmente funcional para la extracción de ADN y, además, hubo una digestión es atractivo, pues las cantidades y volúmenes pequeños favorecen la manipulación, posibilitan la automatización y reducen la posibilidad de contaminación cruzada, como se ha propuesto para las extracciones de ADN con métodos basados en columnas de sílice y en perlas magnéticas (Life Technologies Corporation, 2010; Amory, et al, 2012; Brevnov, et al, 2009).…”

Section: Resultados Y Discusiónunclassified

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Protocolo unificado de digestión y descalcificación de tres métodos de extracción de ADN de restos humanos

Sierra¹,

del-Castillo-Sabogal²,

Espitia-Ortiz³

2018

Rev. Acad. Colomb. Cienc. Ex. Fis. Nat.

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ResumenLa identificación de restos humanos esqueletizados con base en el ADN es un procedimiento muy utilizado en los laboratorios forenses del mundo. Existen al menos tres métodos para la obtención del ADN a partir de este tipo de tejido: mediante solventes orgánicos (fenol-cloroformo), columnas de sílice (QIAquick de QIAgen) y perlas magnéticas recubiertas de polímero (PrepFiler Express™ BTA Forensic DNA Extraction Kit). Cada uno de ellos involucra un procedimiento distinto para la digestión y descalcificación del tejido óseo, así como la aplicación de diferentes principios fisicoquímicos para la purificación y la elución del ADN y el uso de diferentes cantidades iniciales de material pulverizado. Aunque los tres métodos han demostrado ser efectivos dependiendo de la calidad de la muestra, en el Laboratorio de Investigación Genética de Restos Humanos del Instituto Nacional de Medicina Legal y Ciencias Forenses se estandarizó un protocolo unificado para la digestión y descalcificación, independientemente del método de purificación. Con este fin, se evaluaron variables como la cantidad de material pulverizado, el uso y la concentración de detergentes, la concentración de proteinasa K, el uso de dispositivos concentradores y de los reactivos del estuche PrepFiler Express™ BTA Forensic DNA Extraction y EDTA. El efecto de las variables se evaluó en muestras de tejido calcificado provenientes de los casos forenses del Laboratorio y en el ADN de líneas celulares conocidas analizando la cantidad de ADN recuperado y la calidad del perfil genético. El protocolo unificado de digestión y decalcificación permite una digestión completa del material pulverizado y, por ende, una mejor recuperación de ADN, independientemente del método de purificación usado. En las muestras analizadas el método tuvo un porcentaje de éxito cercano a 80 %. © 2017. Acad. Colomb. Cienc. Ex. Fis. Nat. Palabras clave:Restos óseos; Digestión-decalcificación; Extracción de ADN; PrepFiler Express™; Sílice; Fenol-cloroformo. Abstract Unified digestion and decalcification protocol for three DNA extraction methods in human remainsThe identification of human remains using DNA from bones and teeth is a current procedure in forensic laboratories worldwide. At least three methods are used in DNA extraction from mineralized tissue: Organic (phenol-chloroform), silica (QIAquick, QIAgen) and magnetic particles (Prepfiler Express™ BTA Forensic DNA Extraction Kit); each one has its own procedure for decalcification, digestion, DNA purification, and elution, as well as for obtaining the initial amount of material. Although the three methods are equally efficient, we standardized a decalcificationdigestion protocol to use it with any of the three DNA purification methods. We evaluated the quantity of powder, detergent and protease concentration, device concentrators and buffer for demineralization in bones and teeth from forensic cases of the Laboratory and DNA of common cellular lines by assessing the amount of recovered DNA and the quality of the genetic profile. ...

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Section: Resultados Y Discusiónunclassified

Protocolo unificado de digestión y descalcificación de tres métodos de extracción de ADN de restos humanos

Sierra¹,

del-Castillo-Sabogal²,

Espitia-Ortiz³

2018

Rev. Acad. Colomb. Cienc. Ex. Fis. Nat.

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“…A DNA solution containing 500 ng DNA, 10 lg/ml MB, and a low TE buffer to bring the reaction volume to 100 lL, was prepared on ice, after 10 lL had been removed as a control, and was irradiated with visible light by a General Electric 1000 W halogen lamp (GE R1000) at a distance of 5 cm. At each time point (2,3,4,6,8,10,12,14,16,18,20,24,27, and 30 min), 5-ll aliquots were taken and protected from the light source.…”

Section: Dna Extractionmentioning

confidence: 99%

“…This study describes the use of qPCR to determine the degradation ratio and to correlate it with the number of detectable loci. We calculated the degradation ratio as the quantification ratio of small to large amplicons for two targets of different lengths from a highly repetitive locus without interindividual variation in amplicon size [12][13][14]. Using artificially degraded DNA, we examined the effect of various degradation processes on the correlation between the extent of degradation and the number of detectable loci by STR typing.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Estimation of the detection rate in STR analysis by determining the DNA degradation ratio using quantitative PCR

et al. 2013

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“…Bone and teeth were/are often the only available samples for DNA analysis. A protocol which uses phenol/chloroform extraction has been used from the very beginning in our laboratory [4][5][6][7]. Also a bone extraction method based on the Qiagen Mini Kit's protocol (QIAamp DNA Mini Kit, QIAGEN, Hilden, Germany) with some modification was successfully used for the last 4 years [8,9].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

DNA extraction method from bones using Maxwell® 16

Vlahović¹,

Kubat²

2012

Legal Medicine

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Evaluation of a new experimental kit for the extraction of DNA from bones and teeth using a non-powder method

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Protocolo unificado de digestión y descalcificación de tres métodos de extracción de ADN de restos humanos

Protocolo unificado de digestión y descalcificación de tres métodos de extracción de ADN de restos humanos

Estimation of the detection rate in STR analysis by determining the DNA degradation ratio using quantitative PCR

DNA extraction method from bones using Maxwell® 16

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