El chile habanero constituye una de las hortalizas más importantes en la cultura culinaria de México debido a sus características aromáticas singulares. Su cultivo se concentra en el sur y sureste de México, usándose típicamente los principios de la agricultura convencional. Bajo este modelo se utilizan grandes cantidades de fertilizantes y plaguicidas, lo que afecta la producción con inocuidad. Con el objetivo de evaluar dos proporciones de composta como sustrato (100 y 50 %), además de un testigo, con y sin la aplicación de microorganismos eficientes (EM), bajo un diseño completamente al azar, se realizó un ensayo en Villaflores, Chiapas, México (N 16º 32’ y W 93º 45’). Los seis tratamientos tuvieron cinco repeticiones, cada una con cinco plantas. Las plántulas se trasplantaron a los 21 días después de la siembra (DDS) en bolsas de polietileno con las proporciones señaladas. El manejo orgánico se fundamentó en la aplicación del biofertilizante cada ocho días, hasta los 64 DDS. Los parámetros evaluados fueron altura de planta, diámetro de tallo, número y peso de frutos, así como diámetro polar y ecuatorial. Se realizó análisis de varianza, pruebas de medias (Tukey p ≤ 0,05) y correlaciones simples (Pearson). Se determinó superioridad estadística de los parámetros evaluados en los tratamientos de uso de la enmienda orgánica en sus dos proporciones, mejorándose las variables fenológicas y de rendimiento con la aplicación de los EM, en simetrías del 5 al 20 %. Las correlaciones señalaron correspondencia de las variables fenológicas y de los componentes de rendimiento del chile habanero.