Evaluation of Three Molecular Biology-Based Assays for the Detection of GB Virus C/Hepatitis G Virus in Clinical Specimens

Bortolin, Monica; Zanussi, Stefania; Tedeschi, Rosamaria; Pratesi, Chiara; D'Andrea, Monica; Bidoli, Ettore; Gennaro, Gisella; Paoli, Paolo De

doi:10.1159/000080874

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“…Primer selection is a key point in the development of successful PCR strategies. Authors comparing genomic regions and different primers among the same target gene in the GBV-C genome concluded that the 5'UTR is the most stable and conserved region and in addition provided a valuable suggestion of "best primers" 1,3,18 . The TaqMan assay here described achieved the same sensitivity as a nested-PCR proposed by ANDONOV et al 1 , in a more convenient and automated format.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Evaluation of GBV-C / HVG viremia in HIV-infected women

Silva

Rodrigues

Campos

et al. 2012

Rev. Inst. Med. trop. S. Paulo

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SUMMARYThe present study aimed at standardizing a real-time quantitative polymerase chain reaction assay to evaluate the presence of GBV-C/HGV RNA. A "TaqMan" assay using primers and probe derived from the 5′ NCR region was developed and validated. Two hundred and fifty-three plasma samples from HIV-infected women were tested for GBV-C viremia and antibody against the envelope protein 2. GBV-C RNA was detected in 22.5% of the patients whereas the antibody was identified in 25.3% of the cohort. Detection of viral RNA and of antibodies was mutually exclusive. Viral loads showed a mean of 1,777 arbitrary units / mL, being 1.1 and 13,625 arbitrary units / mL respectively the lowest and highest values measured. We conclude that the real-time quantitative polymerase chain reaction method developed is appropriate for the investigation of GBV-C RNA since it was shown to be highly specific and sensitive, as well as requiring few steps, preventing contamination and providing additional information as to the relative viremia of carriers, a parameter that must be included in studies evaluating the co-factors influencing the clinical outcome of HIV/AIDS.

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Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Evaluation of GBV-C / HVG viremia in HIV-infected women

Silva

Rodrigues

Campos

et al. 2012

Rev. Inst. Med. trop. S. Paulo

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“…Tali dosaggi erano previsti al momento dell'arruolamento (T=0), al momento della raccolta dei linfociti del sangue periferico (T=1), prima delle alte dosi di chemioterapia (T=2), circa 10-15 giorni dopo la reinfusione dei linfociti periferici (T=3) e a 2 mesi dalla reinfusione (T=4). Estrazione del DNA da campioni di siero Allo scopo di ottimizzare la quantificazione assoluta della carica virale di EBV nel siero di campioni clinici mediante Real Time PCR, sono state valutate le efficienze di due metodi di estrazione, uno commerciale (QIAamp DNA Mini kit, QIA-GEN) e uno tradizionale in cui venivano impiegati solventi organici, previa precipitazione delle particelle virali con soluzione di polietilenglicole (PEG) (2). Il secondo metodo di estrazione prevede un primo passaggio in cui vengono precipitati per 1 ora in ghiaccio 200 µl di siero in 200 µl di soluzione al 20% di PEG.…”

Section: Materiali E Metodi Curva Standard Sensibilità E Riproducibiunclassified

Valutazione analitica e applicazione clinica di un metodo Real Time PCR per il dosaggio della carica virale di Epstein-Barr virus

Bortolin¹,

Pratesi²,

Tedeschi³

et al. 2004

Microbiol Med

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INTRODUZIONEIl virus di Epstein-Barr (EBV) è un Gammaherpesvirus dal genoma a DNA lineare a doppio filamento di circa 172 kbp. Il virus infetta più del 90% della popolazione mondiale ed è l'agente eziologico della mononucleosi infettiva (IM). In una bassa percentuale di soggetti immunocompetenti da tempo è stata dimostrata la sua associazione con due neoplasie a distribuzione geografica ben definita (4): il linfoma di Burkitt (BL) e il carcinoma indifferenziato del nasofaringe (UCNT). Nei soggetti con immunodeficienza congenita o acquisita, come i sieropositivi per HIV o i trapiantati d'organo o di cellule staminali emopoietiche del midollo osseo o del sangue periferico, studi più recenti hanno dimostrato il coinvolgimento del virus nella patogenesi di diverse neoplasie (4). Queste comprendono prevalentemente linfomi a carico dei linfociti B, come il linfoma non-Hodgkin (NHL), il linfoma di Hodgkin (HD) e le linfoproliferazioni post-trapianto, linfomi T cellulari, come i linfomi nasali a cellule T/natural killer (NK), e carcinomi, come i leiomiosarcomi. La diagnosi di laboratorio dell'infezione primaria o della riattivazione di EBV viene comunemente eseguita con test sierologici (12). Anche se questi metodi indiretti sono spesso utili e sufficienti per diagnosticare l'infezione primaria, per altre condizioni patologiche l'interpretazione dei risultati non è sempre facile e spesso non correla con i dati virologici e clinici (22). Diversi studi hanno dimostrato che la ricerca del genoma virale rappresenta un parametro prognostico nei pazienti con patologie EBV-correlate, infatti la quantità del DNA di EBV nel sangue periferico, nel fluido cerebrospinale e in campioni bioptici spesso correla con il decorso clinico di tali patologie (3,14,24,25). È stato inoltre dimostrato che lo studio della dinamica della viremia EBV potrebbe essere utile nel valutare l'effetto di diversi approcci terapeutici, come nel caso delle terapie antivirali mediante l'uso di acyclovir o gancyclovir (10), la chemioterapia ad alte dosi seguita o meno da infusione di cellule staminali emopoietiche nei soggetti immunocompromessi SUMMARYWe assessed the performance of a Real Time PCR assay to be used for EBV viremia evaluation in clinical specimens. Sensitivity and intra-/interassay reproducibility were evaluated by using DNA serial dilutions from the Namalwa cell line. EBV DNA was analyzed in serum samples from 39 patients (pts) with undifferentiated type nasopharyngeal carcinoma (UCNT), from 5 infectious mononucleosis (IM) pts and from 18 healthy donors.Results obtained by Real Time PCR were compared with those obtained by quantitative competitive (QC)-PCR assay.We thereafter measured the dynamics of EBV DNA load in 5 HIV-seropositive (HIV+) and 9 HIV-seronegative (HIV-, as controls) pts with lymphoma, treated with high-dose chemotherapy (HCT) followed by autologus stem-cell transplantation (ASCT).We found a sensitivity of 100% at 10 EBV copies. The Spearman correlation for both the intra-and the interassay reproducibility was statistically s...

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“…En contraste, los individuos que desarrollan una infección persistente, presentan detección del ARN viral en suero por largos periodos de tiempo y ausencia de anticuerpos anti-E2. 7 El ARN viral constituye un marcador de infección que puede ser analizado mediante RPC-TR, usando partidores dirigidos a las regiones conservadas 5´NTR, NS3 y NS5 8 . Por su parte, la detección de los anticuerpos contra la glicoproteína E2 (anti-E2) mediante ELISA, revelan la existencia de infección pasada y sólo en un pequeño porcentaje (< 5%) se ha detectado la presencia simultánea de anticuerpos y de ARN viral 9 .…”

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