Evolution and Phylogeography of the Nonpathogenic Calicivirus RCV-A1 in Wild Rabbits in Australia

Jahnke, Marlene; Holmes, Edward C.; Kerr, Peter J.; Wright, John D.; Strive, Tanja

doi:10.1128/jvi.00777-10

Cited by 36 publications

(48 citation statements)

References 39 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Badania genetyczne wykazały 85% homologię RCV i RHDV w odcinku genu kodującego strukturalne białko kapsydu (15). Obecność niewirulentnego lagowirusa (nvRHDV-LV) i australijskiej odmiany wirusa (RCV-A1) potwierdzono serologicznie w Nowej Zelandii i Australii (10,19,35,63). Z badań tych wynika, że niechorobotwórcze wirusy występo-wały w Australii już przed niekontrolowanym uwolnieniem w 1995 r. patogennego, czeskiego szczepu V-351 RHDV.…”

Section: Niepatogenne Kaliciwirusy Królikówunclassified

“…Analiza 38 izolatów RCV-A1 z lat 2007-2009 ujawnia postępujące zmiany genomu i obecność sześciu różnych kladów wirusa. Pojawienie się niepatogennego protoplasty najprawdopodobniej zbiega się z datą sprowadzenia królików na kontynent australijski w XIX w. Analiza współczesnych, niechorobotwórczych szczepów RCV-A1 wskazuje na interakcje z patogennym RHDV oraz istotny, hamujący wpływ kaliciwirusa A1 na szerzenie się RHD w Australii, a w konsekwencji ograniczenie możliwości efektywnej regulacji populacji dzikich królików metodami biologicznymi (19,35). Występowanie "łagodnego" wirusa u zdrowych, nieszczepionych dzikich królików stwierdzono również na wyspie Lambay w Irlandii.…”

unclassified

See 1 more Smart Citation

Diversity of RHD virus: epidemiological, diagnostic and immunological importance

Fitzner¹,

Niedbalski²

2017

Medycyna Weterynaryjna

View full text Add to dashboard Cite

Summary Rabbit haemorrhagic disease (RHD) was first recognized in Keywords: rabbit haemorrhagic disease (RHD), RHD virus diversity, variants (subtypes)Med. Weter. 2017, 73 (12), 811-818 812 pod nazwą viral heamorrhagic disease of rabbits (VHD) (56), zmienioną później na rabbit haemorrhagic disease (RHD). W Polsce RHD znajduje się w wykazie chorób podlegających obowiązkowi rejestracji (Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o ochronie zdrowia zwierząt oraz o zwalczaniu chorób zakaźnych, zał. 3).Czynnikiem etiologicznym RHD jest wirus krwotocznej choroby królików (rabbit hamorrhagic disease virus -RHDV), rodzaj Lagovirus, rodzina Caliciviridae (59). Bezotoczkowe wiriony RHDV zawierają pojedynczą nić RNA (ok. 7,5 kb) o dodatniej polaryzacji (ss+) zakończoną końcem poly A. Do lagowirusów należą również: niepatogenny króliczy kaliciwirus RCV (Rabbit Calicivirus), o predylekcji do przewodu pokarmowego (15) oraz hepatotropowy, patogenny dla zajęcy Lepus europaeus i Lepus timidus wirus EBHS, zidentyfikowany w 1989 r. RHDV i EBHSV oprócz zbliżonej morfologii łączy występowanie krzyżowych reakcji antygenowych oraz struktura i organizacja genomu. Genom lagowirusów i kaliciwirusów z rodzajów Sapovirus i Nebovirus zawiera dwie, natomiast norowirusów i vesiwirusów trzy ramki odczytu (ORF). Obszerna ORF1 koduje jednolitą poliproteinę (257 kDa), z której w wyniku działania wirusowej proteazy powstają białka niestrukturalne i strukturalne białko kapsydu VP60 (60 kDa). ORF2 koduje mniejsze biał-ko strukturalne VP10. W kapsydzie występuje także subgenomowy RNA (2,2 kb), który również koduje białko VP60 oraz bierze udział w procesach transkrypcji i translacji (55). Pomimo dużego podobieństwa genetycznego RHDV i EBHSV (52-60% i 63-70% homologia sekwencji nukleotydów i aminokwasów w obrębie genu vp60) są to całkowicie odrębne patogeny, niezdolne do zakażenia krzyżowego królików i zajęcy, których nie można namnożyć in vitro w systemach hodowli komórkowych oraz w zarodkach kurzych (16,32,58).W diagnostyce wirusologicznej RHD stosuje się techniki mikroskopii elektronowej (EM/IEM) umożliwiają-ce bezpośrednią detekcję kubicznych cząstek o średnicy 27-40 nm, metody immunoenzymatyczne ELISA do wykrywania antygenu oraz odczyn hemaglutynacji do określenia właściwości hemaglutynacyjnych. Techniki molekularne, takie jak: amplifikacja wirusowego RNA metodą RT-PCR, real-time RT-PCR (RTq-PCR) oraz sekwencjonowanie wykorzystuje się do określenia typu wirusa oraz w badaniach filogenetycznych. Zakażenie doświadczalne podatnych królików jest metodą stosowaną do potwierdzenia rozpoznania oraz podczas produkcji szczepionek: do namnożenia wirusa i kontroli serii. Ważnym elementem diagnostyki RHD są metody serologiczne: odczyn zahamowania hemaglutynacji i test ELISA (OIE Manual 2016, rozdział 2.6.2). Niepatogenne kaliciwirusy królikówWczesne dowody mówiące o wysoce prawdopodobnym występowaniu bliskiego, niepatogennego przodka RHDV pochodzą z badań archiwalnych surowic króli-ków europejskich z połowy lat 70., w których wykryto swoiste przeciwciała (61) oraz z ...

show abstract

Section: Niepatogenne Kaliciwirusy Królikówunclassified

unclassified

Diversity of RHD virus: epidemiological, diagnostic and immunological importance

Fitzner¹,

Niedbalski²

2017

Medycyna Weterynaryjna

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…An important example is the primate lentiviruses, which include human and simian immunodeficiency viruses (HIV and SIV, respectively). In lentiviruses, nucleotide substitution rates estimated from serial samples collected over a few years within a single patient or host are on the order of 10 23 substitutions per site per year [21]. If this rate is used to calibrate a molecular clock, then the date of the HIV-SIV divergence is estimated at approximately 150 years BP [22].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Analyses of evolutionary dynamics in viruses are hindered by a time-dependent bias in rate estimates

2014

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Time-scales of viral evolution and emergence have been studied widely, but are often poorly understood. Molecular analyses of viral evolutionary timescales generally rely on estimates of rates of nucleotide substitution, which vary by several orders of magnitude depending on the timeframe of measurement. We analysed data from all major groups of viruses and found a strong negative relationship between estimates of nucleotide substitution rate and evolutionary timescale. Strikingly, this relationship was upheld both within and among diverse groups of viruses. A detailed case study of primate lentiviruses revealed that the combined effects of sequence saturation and purifying selection can explain this time-dependent pattern of rate variation. Therefore, our analyses show that studies of evolutionary time-scales in viruses require a reconsideration of substitution rates as a dynamic, rather than as a static, feature of molecular evolution. Improved modelling of viral evolutionary rates has the potential to change our understanding of virus origins.

show abstract

“…Although the cross-protection conveyed by antibodies against RCV-A1 is both partial and transient (28,33), it is impeding effective rabbit control efforts in Australia. RCV-A1 is found predominantly in the more temperate regions of Australia with higher than average rainfall, where RHDV has proven to be less effective in rabbit control (9,(34)(35)(36).…”

mentioning

confidence: 99%

“…RHDV and RCV-A1 represent different lineages within the genus Lagovirus of the family Caliciviridae (7)(8)(9)(10). RCV-A1 and RHDV share many genomic features, such as a polyadenylated single-stranded positive-sense RNA genome of around 7.5 kb organized into two overlapping open reading frames (ORFs) with a viral protein (VPg) covalently bound to the 5= end ( Fig.…”

mentioning

confidence: 99%

Benign Rabbit Caliciviruses Exhibit Evolutionary Dynamics Similar to Those of Their Virulent Relatives

Mahar

Nicholson

Eden

et al. 2016

J Virol

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Two closely related caliciviruses cocirculate in Australia: rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV) and rabbit calicivirus Australia 1 (RCV-A1). RCV-A1 causes benign enteric infections in the European rabbit (Oryctolagus cuniculus) in Australia and New Zealand, while its close relative RHDV causes a highly pathogenic infection of the liver in the same host. The comparison of these viruses provides important information on the nature and trajectory of virulence evolution, particularly as highly virulent strains of RHDV may have evolved from nonpathogenic ancestors such as RCV-A1. To determine the evolution of RCV-A1 we sequenced the full-length genomes of 44 RCV-A1 samples isolated from healthy rabbits and compared key evolutionary parameters to those of its virulent relative, RHDV. Despite their marked differences in pathogenicity and tissue tropism, RCV-A1 and RHDV have evolved in a very similar manner. Both viruses have evolved at broadly similar rates, suggesting that their dynamics are largely shaped by high background mutation rates, and both exhibit occasional recombination and an evolutionary environment dominated by purifying selection. In addition, our comparative analysis revealed that there have been multiple changes in both virulence and tissue tropism in the evolutionary history of these and related viruses. Finally, these new genomic data suggest that either RCV-A1 was introduced into Australia after the introduction of myxoma virus as a biocontrol agent in 1950 or there was drastic reduction of the rabbit population, and hence of RCV-A1 genetic diversity, perhaps coincident with the emergence of myxoma virus. IMPORTANCEThe comparison of closely related viruses that differ profoundly in propensity to cause disease in their hosts offers a powerful opportunity to reveal the causes of changes in virulence and to study how such changes alter the evolutionary dynamics of these pathogens. Here we describe such a novel comparison involving two closely related RNA viruses that cocirculate in Australia, the highly virulent rabbit hemorrhagic disease virus (RHDV) and the nonpathogenic rabbit calicivirus Australia 1 (RCV-A1). Both viruses infect the European rabbit, but they differ in virulence, tissue tropism, and mechanisms of transmission. Surprisingly, and despite these fundamental differences, RCV-A1 and RHDV have evolved at very similar (high) rates and with strong purifying selection. Furthermore, candidate key mutations were identified that may play a role in virulence and/or tissue tropism and therefore warrant further investigation. R evealing the factors that determine the evolution of virulence in viruses and identifying how changes in virulence might impact viral evolutionary dynamics are key queries in the study of infectious disease evolution. Although there is a large body of work on revealing the relationship between virulence and transmissibility, most studies of virulence evolution involve the retrospective analysis of single viruses (1-4). However, the comparison of closely related...

show abstract

Evolution and Phylogeography of the Nonpathogenic Calicivirus RCV-A1 in Wild Rabbits in Australia

Cited by 36 publications

References 39 publications

Diversity of RHD virus: epidemiological, diagnostic and immunological importance

Diversity of RHD virus: epidemiological, diagnostic and immunological importance

Analyses of evolutionary dynamics in viruses are hindered by a time-dependent bias in rate estimates

Benign Rabbit Caliciviruses Exhibit Evolutionary Dynamics Similar to Those of Their Virulent Relatives

Contact Info

Product

Resources

About