Kesehatan mental sangatlah penting bagi kehidupan seseorang, terutama dalam bidang pendidikan khususnya dikalangan mahasiswa agar dapat belajar dengan lancar, maka semua mahasiswa harus dalam kondisi fisik dan mental yang baik. Mahasiswa Amikom Purwokerto menghadapi kendala, contohnya tidak adanya layanan konseling, tidak adanya waktu untuk konseling dikesibukan perkuliahan, dan biaya konseling di luaran cukup mahal. Penelitian ini dapat membantu permasalahan yaitu pembuatan sistem untuk mendiagnosa tingkat gangguan kesehatan mental mahasiswa Universitas Amikom Purwokerto. Pada penelitian ini, terdapat 3 jenis gangguan kesehatan mental yang akan diteliti yaitu depresi, stress, dan gangguan kecemasan. Metode yang digunakan untuk analisa data yaitu menggunakan metode Certainty Factor, karena sesuai untuk pencarian fakta / hasil dalam proses diagnosa dalam menemukan nilai kebenaran. Dalam tahap pengujian UAT (User Acceptance Test) dengan responden 15 orang mahasiswa dan pakar membuktikan kategori rata-rata yang baik hingga mencapai 91,55%, ini menunjukkan bahwa kinerja sistem yang dibuat telah memunuhi tujuan awal pembuatan.