Kabupaten Maluku Tenggara Barat dan Maluku Barat Daya merupakan salah satu daerah endemis malaria di Provinsi Maluku. Penelitian bertujuan untuk mengetahui faktor-faktor yang berhubungan dengan kejadian malaria antara lain pengetahuan, aktifitas masyarakat, keberadaan habitat nyamuk dan pengunaan kelambu. Desain penelitian potong lintang, sampel diambil secara purposive, dan pengambilan data dilakukan dengan wawancara. Analisis data secara deskriptif dan bivariat non parametrik (Uji Chi Square dan Uji Fisher ). Hasil penelitian faktor-faktor yang berhubungan dengan pencegahan malaria pada masyarakat di Kabupaten Maluku Tenggara Barat dan Maluku Barat Daya antara lain: pengetahuan masyarakat tentang gejala penyakit malaria OR=10,523 (p=0,002), informasi tentang malaria dari petugas kesehatan OR=7,302 (p=0,003) dan aktifitas masyarakat di kebun pagi hari (pukul 05.00) dan sore hari (pukul 18.00) OR=3,685 (p=0,007).