Resumo Objetivo comparar o estresse ocupacional em trabalhadores de equipes saúde da família certificadas e não certificadas com selo de qualidade assistencial pela Tutoria da Atenção Primária à Saúde. Métodos estudo transversal realizado com 178 trabalhadores das equipes da Estratégia Saúde da Família de dois municípios do Paraná. Os dados foram coletados por um questionário de caracterização e a Job Stress Scale, e analisados descritiva e inferencialmente por meio de regressão logística bruta e ajustada. Resultados os trabalhadores vinculados às equipes certificadas apresentaram chances significativamente maiores de alta demanda psicológica (p<0,001; ORaj: 4,164) e baixo apoio social (p=0,048; ORaj: 1,896) em relação aos das não certificadas. O controle sobre o trabalho não apresentou diferença significativa (p=0,891; ORaj: 1,047). Os participantes de equipes certificadas apresentaram maior chance de job strain (p<0,001; ORaj: 4,956) e entre aqueles de equipes não certificadas predominou o trabalho passivo (p<0,001; ORaj: 0,293). Conclusão os trabalhadores de equipes de saúde com certificação de qualidade na prestação de serviços apresentaram maiores chances de estresse ocupacional em relação aqueles vinculados a equipes não certificadas. Implicações para a prática torna-se premente que os modelos gerenciais de qualidade da assistência considerem a saúde dos trabalhadores envolvidos.