Se recopilaron datos de calidad de agua de ocho sitios de monitoreo que incluyo 7 parámetros entre 2000-2015. Para el análisis de datos se utilizaron estadísticas descriptivas, análisis de componentes principales (ACP) y de conglomerados. El ACP resulto en 3 componentes que explicaron el 72,6% de la varianza total. El primer componente incluyo Nitrógeno total, Fosforo total, Demanda Bioquímica de Oxígeno (DBO5) y alcalinidad representando mala calidad de agua. El segundo componente incluyo salinidad y pH representando calidad de agua moderada. El tercer componente representa la contaminación por solidos sedimentables. Como resultado del análisis de conglomerados, se clasificaron tres grupos estadísticamente significativos, el grupo I esteros Purgatorio y Barrancones con calidad de agua buena, grupo II esteros Garcero, San Bernardo, Pedregal, Perejil y Berbería calidad de agua mala, y grupo III estero Jagua calidad de agua moderada. Los análisis indicaron que los esteros con mala calidad de agua fueron los sitios que han aumentado las actividades antropogénicas directamente por aguas residuales de acuicultura. Es necesario tomar medidas preventivas que propicien el desarrollo de la vida acuática a través de la orientación de una regulación y servicio costero efectivo en la que se apoyen los esfuerzos de gestión en el futuro.