Karimunjawa National Park (KNP) has a high diversity of coral reef and fish. This study is aimed to analyze the biodiversity of reef fish in KNP. Field survey was conducted in KNP, District of Jepara, Central Java, in April-Juni 2015Keywords: biodiversity, reef fish, Karimunjawa, marine protected area ABSTRAK Taman Nasional Karimunjawa (TNKJ) mempunyai keanekaragaman terumbu karang dan ikan yang tinggi. Tujuan studi ini adalah menganalisis kesehatan habitat dan biodiversitas ikan karang di TNKJ. Penelitian dilakukan di TNKJ Kabupaten Jepara, Jawa Tengah, pada April-Juni 2015. Pengumpulan data menggunakan metode survei dan observasi. Data primer yang dikumpulkan adalah jumlah individu ikan karang per famili, persentase tutupan karang, kekeruhan, kadar nitrogen (N) total dan PO4. Data sekunder didapatkan dari Balai TNKJ. Penghitungan jumlah individu ikan karang menggunakan belt transect dan pengukuran tutupan karang menggunakan metode line intercept transect (LIT). Biodiversitas ikan karang diukur melalui indikator kelimpahan dan biomassa ikan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa rata-rata tutupan karang pada tahun 2015 adalah 44,70%. Tutupan karang tertinggi adalah di Taka Malang (zona inti TNKJ) 65,65% dan yang terendah adalah di Nirwana (zona tradisional perikanan) yaitu 35,45%. Kelimpahan ikan pada tahun 2015 didominasi oleh Pomacentridae (60,46%) dengan kelimpahan 14.850 ind/ha, kedua adalah Caesionidae (11,77%) dengan kelimpahan 2.892 ind/ha, ketiga adalah Scaridae (6,27%) dengan kelimpahan 1.540 ind/ha. Biomassa tertinggi tahun 2015 dimiliki oleh Scaridae (122,33 kg/ha), urutan kedua adalah Caesionidae (104,91 kg/ha), dan urutan ketiga adalah Serranidae (50,80 kg/ha). Biodiversitas ikan karang di TNKJ terjaga baik, karena familifamili yang menjadi target utama tangkapan nelayan memiliki kelimpahan dan biomassa yang tinggi.Kata kunci: biodiversitas, ikan karang, Karimunjawa, kawasan konservasi