Les eaux souterraines sont la principale source d'approvisionnement en eau des populations dans le bassin versant de la Baya. Toutefois, les activités anthropiques sur ce Bassin pourraient dégrader la qualité chimique de cette ressource. Afin d'évaluer la qualité physicochimique de ces eaux et déterminer les phénomènes à l'origine de leur minéralisation, des analyses physico-chimiques et traitements statistiques des données hydrochimiques ont été effectuées sur 13 forages et 12 puits. Il ressort que les eaux souterraines du bassin de la Baya sont dans l'ensemble acides avec un pH moyen de 5,98 et faiblement minéralisées, à l'exception de celles des localités d'Apkokro (1236 µS.cm-1) et Tiédo (1092 µS.cm-1). Les eaux sont marquées par des faciès chloruré-sulfaté calcique et hydrogénocarbonaté calcique et magnésien. Les teneurs en nitrate, chlorure, silice, manganèse et fer sont parfois élevées et dépassent les valeurs de la directive OMS de potabilité des eaux de consommation. L'Analyse en Composantes Principales (ACP) a mis en évidence deux phénomènes dans l'acquisition du chimisme des eaux : la dissolution de la roche encaissante au contact des eaux et une minéralisation liée à la pollution par apports superficiels des eaux d'infiltration et de lessivage des sols. Dans l'ensemble, la qualité des eaux souterraines est bonne mais nécessite dans certains cas, un traitement spécifique avant consommation.