Las nanoemulsiones son una alternativa efectiva en la protección, acarreo y liberación de compuestos bioactivos al favorecer una mayor solubilidad, estabilidad, biodisponibilidad y eficacia. El aceite de neem contiene compuestos con actividad biológica, entre ellas capacidad antifúngica y dado que los mohos son responsables del deterioro de muchos frutos, las nanoemulsiones de aceite de neem podrían representar una alternativa de manejo postcosecha. El objetivo del presente trabajo consistió en desarrollar nanoemulsiones estables a base de aceite de neem, así como evaluar su actividad antifúngica frente a una cepa de Aspergillus niger aislada de frutos de papaya. Nanoemulsiones con diferentes valores de HLB (Balance Hidrófilo Lipófilo) fueron preparadas empleando aceite de neem, agua y emulsificantes. Las preparaciones fueron analizadas en su tamaño de glóbulo, índice de polidispersidad (PDI) y carga superficial. La actividad antifúngica fue evaluada a través de la técnica de alimento envenenado. La metodología de superficie de respuesta fue empleada para identificar una formulación óptima, con 8.21 % de aceite de neem, una relación aceite-emulsificante 1:3.28 y a un HLB de 16.2, con la cual se prepararon nanoemulsiones que alcanzaron un tamaño de glóbulo de 60 nm, estables por 365 días. Las nanoemulsiones, preparadas con aceite de neem comercial o recién extraído, fueron efectivas para inhibir In vitro el crecimiento de Aspergillus niger. Esto contrasta con ensayos en donde se empleó aceite no nanoemulsionado. El empleo de nanoemulsiones a base de aceite de neem representa una alternativa prometedora en el control del deterioro postcosecha ocasionado por Aspergillus niger.