Gastroenteritis and the novel picornaviruses aichi virus, cosavirus, saffold virus, and salivirus in young children

Nielsen, Alex Christian Yde; Gyhrs, Mette Louise; Nielsen, Lars Peter; Pedersen, Court; Böttiger, Blenda

doi:10.1016/j.jcv.2013.03.015

Cited by 70 publications

(58 citation statements)

References 12 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Astroviridae ailesinde yer alan astrovirusların gastroenterit ile ilişkisi ilk defa 1975 yılında ishalli olguların dışkılarının elektron mikroskobunda incelenmesiyle ortaya konmuş, sonraki çalışmalarda bu virusların çocuk gastroenteritleri ile direkt ilişkisi gösterilmiştir 20 . Moleküler yöntemlerdeki gelişmelere bağlı olarak son yıllar-da tanımlanan Aichi virus, parechovirus ve enteroviruslar da, gastroenterit ile ilişkili yeni viruslar olarak bildirilmiştir 4,5 . Picornaviridae ailesine ait olan bu üç virusun, ishalli olgularda gösterilmelerine karşın, direkt olarak gastroenterit ile ilişkileri henüz netleşmemiştir 9 .…”

Section: Tanımlanan Virusların Toplam öRnek Sayısına Oranı* (N= 50)unclassified

“…Çocukluk çağı ishallerinin en sık rastlanan etkenleri viruslar olup, dört virus ailesinin [Reoviridae (rotavirus), Caliciviridae (norovirus ve sapovirus), Astroviridae (astrovirus), Adenoviridae (adenovirus tip 40,41)] gastroenteritlerden sorumlu olduğu bilinmektedir 1,2 . Son yıllarda, özellikle moleküler yöntemlerdeki hızlı gelişmeler, gastroenterit ile ilişkili birçok yeni virusun tanımlanmasını sağlamıştır [3][4][5][6] . Ancak, çoğu Picornaviridae ailesine ait olan bu yeni virusların, patogenezleri ile ilgili yeterli bilgi birikimi henüz mevcut değildir 4,5 .…”

Section: Introductionunclassified

“…Son yıllarda, özellikle moleküler yöntemlerdeki hızlı gelişmeler, gastroenterit ile ilişkili birçok yeni virusun tanımlanmasını sağlamıştır [3][4][5][6] . Ancak, çoğu Picornaviridae ailesine ait olan bu yeni virusların, patogenezleri ile ilgili yeterli bilgi birikimi henüz mevcut değildir 4,5 .…”

Section: Introductionunclassified

See 2 more Smart Citations

Investigation of Seven Different RNA Viruses Associated with Gastroenteritis in Children Under Five Years Old

Akhter¹,

Turegun²,

Kıyan³

et al. 2014

Mikrobiyol Bul

View full text Add to dashboard Cite

ÖZETKüçük çocuklarda ortaya çıkan gastroenteritlerde en sık rastlanılan etkenlerin viruslar olduğu bilinmektedir. Viral gastroenteritlerin klasik etkenleri olan rotavirus, norovirus, adenovirus tip 40/41, astrovirus ve sapovirus gibi virusların yanı sıra son yıllarda moleküler yöntemlerdeki gelişmelere bağlı olarak yeni tanımlanan bazı pikornavirusların (Aichi virus, parechovirus, enterovirus) da gastroenterit ile ilişkili olabileceği ileri sürülmektedir. Ancak bu virusların direkt olarak gastroenterite neden olup olmadıkları ve hastalıktaki rolleri ile ilgili yeterince veri mevcut değildir. Bu çalışmada, ishalli çocukların dışkı örnekle-rinde rotavirus, norovirus, sapovirus, astrovirus, Aichi virus, parechovirus ve enterovirus varlığının terstranskriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Haziran-Aralık 2012 tarihleri arasında ishal şikayeti ile hastanemize başvuran, rutin bakteriyolojik ve parazitolojik incelemelerinde patojen etken saptanmayan, 5 yaş altındaki 50 çocuk olguya ait dışkı örneği dahil edilmiştir. Örneklerden RNA ekstraksiyonu yapıldıktan sonra, ters transkripsiyon ile elde edilen cDNA'larla öncelikle internal kontrol (İK) ekspresyon analizleri gerçekleştirilmiş ve 31 örnekte (%62) İK pozitif olarak bulunmuştur. Bu örneklere daha sonra rotavirus grup A ve C, norovirus (NoV) genogrup GI ve GII, sapovirus, astrovirus, Aichi virus, parechovirus ve enterovirus için özgül primer çiftleri kullanılarak PCR yöntemi uygulanmıştır. Öngörülen büyüklükte elde edilen PCR ürünleri, pBSK vektörüne klonlandıktan sonra dizi analizleri yapılmış ve BLAST programı kullanılarak GenBank veritabanında bulunan ilgili virusların genomlarıyla karşılaştırılarak viruslar tanımlanmıştır. Çalışmada, İK pozitif 31 örneğin 12 (%38.7)'sinde pozitiflik tespit edilmiş; bu örneklerin 6 (%19.3)'sında NoV GII, 2 (%6.5)'sinde NoV GI, 2 (%6.5)'sinde rotavirus grup A, 1 (%3.2)'inde astrovirus ve 1 (%3.2)'inde sapovirus RNA'larının varlığı belirlenmiştir. Çalışılan toplam örnek sayısı dikkate alındığında; en sık rastlanılan etkenin noroviruslar (8/50, %16) olduğu, Geliş Tarihi

show abstract

Section: Tanımlanan Virusların Toplam öRnek Sayısına Oranı* (N= 50)unclassified

Section: Introductionunclassified

See 1 more Smart Citation

Investigation of Seven Different RNA Viruses Associated with Gastroenteritis in Children Under Five Years Old

Akhter¹,

Turegun²,

Kıyan³

et al. 2014

Mikrobiyol Bul

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…This virus was recently discovered in the feces of children with gastroenteritis in the United States and Australia as well as in a sewage sample collected in Spain (Holtz et al 2009). Subsequently, it was identified in the fecal samples in African (Li et al 2009), Asian (Greninger et al 2010;Han et al 2010;Li et al 2009;Shan et al 2010), European (Calgua et al 2013;Nielsen et al 2013), and South American continents as well (Calgua et al 2013;Nix et al 2013), suggesting its worldwide distribution. Although it has been suggested that this virus may be a cause of gastroenteritis in infants (Nielsen et al 2013), its actual prevalence, molecular epidemiology, and role in human enteric diseases still remain unclear.…”

mentioning

confidence: 99%

Quantification and Genetic Analysis of Salivirus/Klassevirus in Wastewater in Arizona, USA

et al. 2014

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…These viruses commonly infect young children, often without signs of clinical disease (67)(68)(69)(70)(71). Coinfections involving RV and other enteric viral or bacterial pathogens have been frequently reported, and there have been a few studies suggesting that coinfections with certain pathogens can alter GI disease severity (63,(72)(73)(74)(75)(76).…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Absence of Genetic Differences among G10P[11] Rotaviruses Associated with Asymptomatic and Symptomatic Neonatal Infections in Vellore, India

Libonati

Dennis

Ramani

et al. 2014

J Virol

View full text Add to dashboard Cite

Rotaviruses (RVs) are leading causes of severe diarrhea and vomiting in infants and young children. RVs with G10P[11] genotype specificity have been associated with symptomatic and asymptomatic neonatal infections in Vellore, India. To identify possible viral genetic determinants responsible for differences in symptomology, the genome sequences of G10P[11] RVs in stool samples of 19 neonates with symptomatic infections and 20 neonates with asymptomatic infections were determined by Sanger and next-generation sequencing. The data showed that all 39 viruses had identical genotype constellations (G10-P[11]-I2-R2-C2-M2-A1-N1-T1-E2-H3), the same as those of the previously characterized symptomatic N155 Vellore isolate. The data also showed that the RNA and deduced protein sequences of all the Vellore G10P[11] viruses were nearly identical; no nucleotide or amino acid differences were found that correlated with symptomatic versus asymptomatic infection. Next-generation sequencing data revealed that some stool samples, both from neonates with symptomatic infections and from neonates with asymptomatic infections, also contained one or more positive-strand RNA viruses (Aichi virus, astrovirus, or salivirus/klassevirus) suspected of being potential causes of pediatric gastroenteritis. However, none of the positive-strand RNA viruses could be causally associated with the development of symptoms. These results indicate that the diversity of clinical symptoms in Vellore neonates does not result from genetic differences among G10P[11] RVs; instead, other undefined factors appear to influence whether neonates develop gastrointestinal disease symptoms. IMPORTANCERotavirus (RV) strains have been identified that preferentially replicate in neonates, in some cases, without causing gastrointestinal disease. Surveillance studies have established that G10P[11] RVs are a major cause of neonatal infection in Vellore, India, with half of infected neonates exhibiting symptoms. We used Sanger and next-generation sequencing technologies to contrast G10P[11] RVs recovered from symptomatic and asymptomatic neonates. Remarkably, the data showed that the RNA genomes of the viruses were virtually indistinguishable and lacked any differences that could explain the diversity of clinical outcomes among infected Vellore neonates. The sequencing results also indicated that some symptomatic and some asymptomatic Vellore neonates were infected with other enteric viruses (Aichi virus, astrovirus, salvirus/klassevirus); however, none could be correlated with the presence of symptoms in neonates. Together, our findings suggest that other poorly defined factors, not connected to the genetic makeup of the Vellore G10P[11] viruses, influence whether neonates develop gastrointestinal disease symptoms.

show abstract

Gastroenteritis and the novel picornaviruses aichi virus, cosavirus, saffold virus, and salivirus in young children

Cited by 70 publications

References 12 publications

Investigation of Seven Different RNA Viruses Associated with Gastroenteritis in Children Under Five Years Old

Investigation of Seven Different RNA Viruses Associated with Gastroenteritis in Children Under Five Years Old

Quantification and Genetic Analysis of Salivirus/Klassevirus in Wastewater in Arizona, USA

Absence of Genetic Differences among G10P[11] Rotaviruses Associated with Asymptomatic and Symptomatic Neonatal Infections in Vellore, India

Contact Info

Product

Resources

About