Introducción: la cuarentena nacional ante el COVID-19 ha involucrado cambios sociales representados en el confinamiento y el distanciamiento; además, ha generado impactos económicos y académicos para los universitarios, los cuales, según antecedentes, representan uno de los grupos poblacionales con mayor susceptibilidad a desarrollar sintomatología ansiosa y depresiva de importancia clínica. Objetivo: comparar la sintomatología ansiosa y depresiva de universitarios, según el género, durante una primera fase, llamada cuarentena obligatoria estricta, y una segunda, conocida como asilamiento preventivo obligatorio. Metodología: mediante un estudio cuantitativo, descriptivo, no experimental y transversal, se evaluó la sintomatología ansiosa (BAI) y depresiva (BDI-II), en un grupo de universitarios en abril (n = 172) y en un segundo grupo en junio y julio (n = 148), fases de la cuarentena con diferencias en restricciones de aislamiento y confinamiento. Resultados: se reveló que las mujeres universitarias de la primera fase de la cuarentena obtuvieron mayores niveles de sintomatología ansiosa y depresiva que los hombres, adicionalmente, también se diferenciaron de las mujeres de la segunda fase, aunque solo en sintomatología somática, tanto ansiosa como depresiva. Mientras que, en la segunda fase de la cuarentena, se evidenció mayor afectación en los hombres universitarios, pues mostraron una mayor sintomatología depresiva en puntuación general y en síntomas somáticos que las mujeres de esa fase, e incluso que los hombres de la primera fase, tanto en sintomatología depresiva como ansiosa. Conclusión: el presente estudio aporta a la comprensión de un fenómeno que ha empezado a explorarse a nivel nacional, pues reveló que las mujeres manifiestan una afectación psíquica temprana, representada en síntomas somáticos desde la fase inicial de la cuarentena, mientras que los hombres expresan una mayor afectación en periodos posteriores, y a partir de síntomas cognitivos; esto invita a investigar variables adicionales asociadas al género y al rol de los universitarios.