Esse artigo apresenta o estudo de avaliação da compartimentação e do comportamento hidrogeológico do Sistema Aquífero Embasamento Cristalino, no município de Bagé (RS). Para realização desse estudo, foram utilizados dados hidrogeológicos de 174 poços tubulares e dados de lineamentos obtidos de imagens SRTM e de levantamento aerogeofísico. Para realizar a avaliação estrutural da área, foram traçados lineamentos morfoestruturais nas imagens SRTM, em diferentes escalas (1:1.000.000; 1:500.000 e 1:250.000), bem como foram identificadas estruturas por meio da análise e interpretação dos dados aeromagnéticos. Esses dados foram utilizados visando identificar a existência de compartimentos estruturais. Os dados dos poços tubulares foram analisados e utilizados na caracterização hidrogeológica da área de estudo e dos compartimentos estruturais. Os resultados indicaram a ocorrência de cinco estruturas principais, que possuem extensões entre 8,62 e 30km. Com base nessas estruturas, foram definidas cinco zonas (Z1 a Z5) que possuem características distintas. A Zona 1 apresenta os principais trends para N80-90E e N60-70E, capacidade específica de 0,005 m3/h/m e vazão de 0,46 m3/h. Na Zona 2 os principais trends são para N20-30E, N50-60E e N30-40E, a capacidade específica máxima é de 6,93 m3/h/m, com vazão máxima de 16,5 m3/h. Na Zona 3 os trends são N50-60E, N40-50E e N30-40E, com capacidade específica máxima de 3 m3/h/m e vazão máxima de 20,37 m3/h. Na Zona 4 os principais trends são para N70-80E e N20-30E, com capacidade específica máxima de 2,13 m3/h/m e vazão máxima de 12 m3/h. Por fim, na Zona 5 os trends principais são para N70-80E, N20-30E e N00-10W, com capacidade específica máxima de 1,5 m3/h/m e vazão máxima de 30 m3/h. Esses resultados demonstram que a região do município de Bagé se apresenta compartimentada, com zonas apresentando diferentes produtividades e trends estruturais, sendo que a Zona 2 apresenta estruturas que estão associadas a maior produtividade de poços. Assim, a análise de lineamentos magnéticos e morfoestruturais, demonstra ser um estudo que tem importância na avaliação da compartimentação estrutural e hidrogeológica de áreas com ocorrência de aquíferos fraturados.