Landscape planning in settled landscapes includes identifying larger areas of natural vegetation to be conserved protected and/or managed for various environmental and public services. These "green backbones" of the landscape, called Natural Heritage Systems (NHS) in the settled landscapes of southern Ontario, Canada, should have appropriate land use planning and natural areas management actions and related policies to protect and enhance biodiversity and ecological functions. As such, an NHS should be derived using a rigorous and defensible methodology while ensuring public involvement and input during this process. This paper describes the methodology for regional NHS design currently being implemented by OMNR in collaboration with numerous conservation partners and municipalities in southern Ontario. The methodology combines the principles and methods of landscape planning, conservation planning, and spatial analysis, while ensuring that the process is adaptable and repeatable over time and different scales. For each landscape, explicit and transparent conservation objectives, features and targets are identified based on stakeholder inputs. Numerous conservation and restoration objectives are translated into explicit quantitative targets for each analysis unit, and a mathematical optimization algorithm is used to represent all the targets at minimal cost (least land area). The methodology is illustrated using examples from a pilot study in Ecodistrict 7E-5 with some references to ongoing NHS implementation projects as well as potential applications of this method.Key words: biodiversity targets, ecological function targets, ecological restoration, fragmentation, Natural Heritage System, landscape ecology, landscape planning, Marxan, protected areas, simulated annealing algorithm, scenario analysis, southern Ontario, spatial conservation prioritization, systematic conservation planning RÉSUMÉ La planification de l'utilisation du territoire dans un environnement habité comporte l'identification de grandes superficies de végétation naturelle à conserver, à protéger ou encore aménager dans le but de produire divers services environnementaux et publics. Ces « charpentes écologiques » du paysage, que l' on nomme systèmes de patrimoine naturel (SPN) dans les zones habitées du sud de l'Ontario, au Canada, devraient pouvoir compter sur une utilisation du territoire bien planifiée ainsi que sur des activités d'aménagement des zones naturelles et une réglementation spécifiques afin de proté-ger et d'accroître la biodiversité et les fonctions écologiques. Pour créer un SPN il faudrait une méthodologie rigoureuse et crédible, garantissant la participation et l'apport du public tout au long du processus. Cet article décrit la méthodologie qu'utilise présentement MRNO pour la conception d'un SPN régional en collaboration avec différents partenaires de la conservation et des municipalités du sud de l'Ontario. La méthodologie utilise à la fois les principes et méthodes pour planifier l'utilisation du territoire et la ...