El ecoturismo es una actividad que puede contribuir de diversas formas al desarrollo sostenible y a la conservación de la biodiversidad en zonas con potencial ecoturístico, en especial en ámbitos rurales y silvestres, por lo que desarrollar metodologías para estimar el potencial ecoturístico de un espacio debería consignar dichos principios, contribuyendo así a la planificación y gestión apropiada de estas áreas. Esta investigación tuvo como objetivo diseñar una metodología de análisis de factores con un enfoque multicriterio de conservación y desarrollo sostenible, jerarquización turística, educación ambiental, monitoreo participativo y sistemas social-ecológicos, descritos y desarrollados por investigadores de nivel internacional, entidades académicas, institutos de desarrollo y organizaciones gubernamentales y no gubernamentales. Se definieron trece criterios de evaluación, de los cuales siete tienen un enfoque ambiental, biológico y sociocultural y los otros seis, un enfoque de planificación, servicios y mercado. Al mismo tiempo se establecieron cinco niveles de jerarquía y puntajes, desde un nivel bajo de potencial ecoturístico, hasta uno muy alto o excepcional, encaminados a la estimación del potencial ecoturístico. Esta metodología fue aplicada a la Reserva Paisajística Subcuenca del Cotahuasi, en el departamento de Arequipa, Perú, lo que permitió evaluar, de forma detallada y a la vez integral, el potencial ecoturístico de esta área natural protegida, obteniéndose como resultado un potencial para el desarrollo del ecoturismo de nivel Bueno, mostrando además qué condiciones requieren ser mejoradas.