Орексинергическая система расположена в латеральном и заднем гипоталамусе. Она состоит из 50 000-80 000 нейронов и их связей с другими нейронами головного мозга. Орексинергические нейроны синтезируют два вида пептидов: орексин А и орексин Б, которые образуются из общего предшественника препро-орексина. Орексины А и Б идентичны на 50% (преимущественно в С-конце, их N-концы отличаются). Орексин А состоит из 33 аминокислот и имеет две дисульфидные связи, орексин Б представляет собой прямую цепочку из 28 аминокислот. Свободный N-конец орексина Б связан с более быстрым метаболизмом и коротким временем действия. Орексин А, наоборот, более стабильный и легче определяется в цереброспинальной жидкости, более липофильный и лучше проникает через гематоэнцефалический барьер.