High genetic stability of peroral infection factors from Anticarsia gemmatalis MNPV over 20years of sampling

Ferreira, Briana Cardoso; Melo, Fernando Lucas; Souza, Marlinda Lobo de; Moscardi, F.; Báo, Sônia Nair; Ribeiro, Bergmann Morais

doi:10.1016/j.jip.2014.02.007

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“…ErelGV encodes at least eight genes known to act as per os infection factors ( pif ) (Table 2 ). A previous study has proposed that proteins P74, PIF1, PIF2 and PIF3 form a conserved complex shared by all baculovirus, which plays essential roles in the baculoviral entry into midgut cells [ 37 , 38 ]. Our results have revealed that among these genes, the core gene pif-3 is by far the most variable of them.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Genome-wide diversity in temporal and regional populations of the betabaculovirus Erinnyis ello granulovirus (ErelGV)

et al. 2018

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BackgroundErinnyis ello granulovirus (ErelGV) is a betabaculovirus infecting caterpillars of the sphingid moth E. ello ello (cassava hornworm), an important pest of cassava crops (Manihot esculenta). In this study, the genome of seven field isolates of the virus ErelGV were deep sequenced and their inter- and intrapopulational sequence diversity were analyzed.ResultsNo events of gene gain/loss or translocations were observed, and indels were mainly found within highly repetitive regions (direct repeats, drs). A naturally occurring isolate from Northern Brazil (Acre State, an Amazonian region) has shown to be the most diverse population, with a unique pattern of polymorphisms. Overall, non-synonymous substitutions were found all over the seven genomes, with no specific gathering of mutations on hotspot regions. Independently of their sizes, some ORFs have shown higher levels of non-synonymous changes than others. Non-core genes of known functions and structural genes were among the most diverse ones; and as expected, core genes were the least variable genes. We observed remarkable differences on diversity of paralogous genes, as in multiple copies of p10, fgf, and pep. Another important contrast on sequence diversity was found on genes encoding complex subunits and/or involved in the same biological processes, as late expression factors (lefs) and per os infectivity factors (pifs). Interestingly, several polymorphisms in coding regions lie on sequences encoding specific protein domains.ConclusionsBy comparing and integrating information about inter- and intrapopulational diversity of viral isolates, we provide a detailed description on how evolution operates on field isolates of a betabaculovirus. Our results revealed that 35–41% of the SNPs of ErelGV lead to amino acid changes (non-synonymous substitutions). Some genes, especially non-core genes of unknown functions, tend to accumulate more mutations, while core genes evolve slowly and are more conserved. Additional studies would be necessary to understand the actual effects of such gene variations on viral infection and fitness.Electronic supplementary materialThe online version of this article (10.1186/s12864-018-5070-6) contains supplementary material, which is available to authorized users.

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Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Genome-wide diversity in temporal and regional populations of the betabaculovirus Erinnyis ello granulovirus (ErelGV)

et al. 2018

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“…ErelGV encodes at least eight genes known to act as per os infection factors (pif) ( Table 2). A previous study has proposed that proteins P74, PIF1, PIF2 and PIF3 form a conserved complex shared by all baculovirus, which plays essential roles in the baculoviral entry into midgut cells [34,35]. Our results have revealed that among these genes, the core gene pif-3 is by far the most variable of them.…”

Section: Pif Proteins Have Distinct Evolutionary Histories and Differmentioning

confidence: 50%

Genome-wide diversity in temporal and regional populations of the betabaculovirusErinnyis ello granulovirus(ErelGV)

Melo

Ardisson-Araújo

Sihler

et al. 2018

Preprint

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“…Em 2014, foram analisadas as diversidades genéticas de isolados de AgMNPV coletados de diferentes regiões da América do Sul, essa análise foi baseada na avaliação dos 4 genes pif (pif 1, pif 2, pif 3 and pif 4) de baculovírus. Esse estudo mostrou que os genes pif continuam estáveis apesar de mais de 20 anos de uso desse baculovírus no combate a lagarta da soja (Ferreira et al, 2014). Outro estudo importante utilizando AgMNPV foi a análise proteômica das partículas BV e ODV desse baculovírus.…”

Section: Baculovírus Como Vetor De Expressãounclassified

Uso de baculovírus como ferrramenta para produção de antígenos vacinais e “virus like particles” (VLPs)

Chaves¹

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Inicialmente eu não poderia deixar de agradecer a Deus por essa oportunidade incrível que é viver. Sob sua luz continuo trilhando meu caminho, algumas vezes com derrotas, mas as vitórias (como essa) me lembram da sua profunda compaixão. Obrigada! Agradeço a minha mãe Graça, essa vitória também é sua, te amo profundamente! Agradeço também a minha irmã Larissa, obrigada por me ensinar a seguir em frente apesar das dificuldades da vida, te amo! Enfim, meu amor Marcus. Não existem palavras para expressar minha eterna gratidão.Você foi minha fortaleza, minha companhia e minha força de vontade. Dividimos muito mais que um teto, dividimos história de vida e muita cumplicidade. Amo-te!!! Aos meus queridos sobrinhos Thaís, Clara, Davi, Liz e Isadora, que despertam o melhor em mim e me dão força para continuar. Ao professor Bergmann, que eu tive a sorte e o privilégio de ser aluna. Obrigada por acreditar em mim e manter todas as portas abertas. Minha gratidão profunda ao Sr. Ao professor e meu orientador no período sanduíche Dr. Gary Blissard. Com ele aprendi bondade, profissionalismo e amor a ciência. O Gary é um cientista inspirador. Essa experiência em seu laboratório mudou tudo. Obrigada! Agradeço ao professor Tatsuya e Renato por sempre serem solícitos quando requisitados. À professora Anamélia Bocca, por sua colaboração e sugestões. Meu obrigada também aos seus alunos Márcio e Isaque. À Dra. Maria Elita por ter iniciado minha paixão por ciência. Aproveitando, agradeço a todas as pessoas da época de Embrapa (Iniciação científica) que foram sempre tão amáveis comigo: Marlinda, Zildinha, William querido, Raimundinha, Briana, Juliana e Saluana (amigas lindas). Agradeço a todo mundo, sem exceções, do laboratório de Baculovírus da UnB. Local onde fiz o meu mestrado e agora doutorado. Todos esses anos foram fundamentais para o meu crescimento emocional, profissional e pessoal. Porém, algumas pessoas tornaram meus dias mais alegres dentro do laboratório, principalmente no último ano do meu doutorado, são elas: Mariana Senna, Mayarha, Deborah e Laís. Obrigada por acreditarem em mim e serem amigas maravilhosas. iv Às amigas que conheci neste mesmo laboratório e agora são profissionais de sucesso: Anabele e Carol. Obrigada! Aos amigos dos laboratórios de Virologia (Holanda e Japão). Que muitas vezes me ouviram e ajudaram nos trabalhos. Desejo sucesso galera! Aos amigos do laboratório de Microscopia eletrônica agradeço a ajuda, carinho e torcida. Aos amigos Jeff, Rita e Lisa do laboratório Blissard, que me ajudaram em tudo e fizeram com que eu me sentisse em casa, mesmo estando em outro país. Galerinha do Maple Hill, obrigada por serem minha família americana. Aqui cito: Marislaine (Maris amiga querida), Larissa, Carlos (José), Camila, Vivi e Milena. Nossas histórias estão guardadas no coração. Agradeço a todos os amigos de Ithaca, obrigada por todos os momentos. Para Patrícia e Rogério um agradecimento especial. Aos meus amigos de uma vida inteira (Trupe). Alguns conheço muito antes de pensar em seguir essa carreira. Desculpem ...

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High genetic stability of peroral infection factors from Anticarsia gemmatalis MNPV over 20years of sampling

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