Este artículo discute las consideraciones teóricas, metodológicas y de instrumentación con las que es posible y necesario trabajar para auxiliar en la detección de restos humanos en contextos sumergidos de una manera científica, sistemática, y reproducible. Esta labor es también copartícipe del propósito de hacer de la arqueología una herramienta para ayudar a cerrar procesos profundamente dolorosos entre las familias que han sufrido pérdidas en el grave contexto de desapariciones forzadas en el México actual. Se consideran como parte del análisis los siguientes elementos clave: 1) la necesidad de un desarrollo explícitamente teórico en arqueología que incorpora estrategias para la resolución de preguntas, tal como es el caso de la arqueología procesual; 2) el análisis de las alteraciones tafonómicas que afectarán a un cuerpo humano y que se presentan en el escenario de un contexto sumergido, y, 3) el desarrollo de una metodología de prospección que incorpora tecnologías de punta de lanza en la arqueología marítima contemporánea, con énfasis en instrumentación de posicionamiento, geofísica marina, fotogrametría, robótica y buceo técnico y científico.