Configurar un mundo sostenible requiere nuevas formas de pensar y actuar donde la educación para el desarrollo sostenible sea una propuesta para el cambio. Esto, sin embargo, trae consigo retos para la educación superior, ya que implica formar estudiantes con competencias transdisciplinares. Por eso, el objetivo de esta investigación fue diseñar un proceso transdisciplinario para la educación superior centrado en el estudiante y en el vínculo IES, industria y sociedad, con base en la teoría holónica, la metodología de los sistemas suaves y la metodología de stage-gates con el fin de desarrollar el pensamiento sistémico, el trabajo colaborativo y la creatividad en los futuros profesionales y responsables de la construcción del tejido social en un mundo sostenible. Para ello, se diseñó una investigación cualitativa, de tipo documental, la cual se llevó a cabo en dos fases: en la primera se efectuó una revisión de la frontera del conocimiento en las publicaciones relativas a la transdisciplina y la educación superior en la Web of Science de los últimos cuatro años, mientras que en la segunda se desarrolló el proceso, el cual se configuró en siete etapas, cimentado en el sustento teórico del constructivismo y el sustento pedagógico del enfoque por competencias. Se obtuvo como resultado el proceso transdisciplinario para la educación superior (PTD-ES), configurado por cuatro momentos que abarcan desde lo simple hasta lo complejo: I) disciplinario, II) multidisciplinario, III) interdisciplinario, IV) transdisciplinario; y tres compuertas para valorar el nivel de competencia que desarrollaron los estudiantes en cada momento.