Diarrhoegenic E. coli (DEC) merupakan kelompok strain E. coli patogenik yang diketahui menjadi salah satu penyebab penyakit diare. Kasus diare masih cukup tinggi di negara-negara yang sedang berkembang seperti Indonesia. Di Kabupaten Tanah Bumbu Kalimantan Selatan khususnya di wilayah kerja Puskesmas Batulicin dan Pagatan memiliki angka kasus diare yang masih fluktuatif. Penelitian ini bertujuan mendeteksi DEC pada sampel feses penderita diare di wilayah kerja Puskesmas Batulicin dan Pagatan dengan pemeriksaan PCR. Desain penelitian Cross Sectional dengan jumlah sampel feses sebanyak 15, dikumpulkan selama 3 bulan (Agustus - Oktober 2018). Sampel feses diperiksa menggunakan PCR untuk mendeteksi keberadaan strain DEC yakni EAEC, ETEC, dan EPEC serta EHEC. Tiga dari lima belas (20%) sampel diketahui positif DEC. Strain ETEC ditemukan pada 2 sampel (0,13%), masing-masing dari Puskesmas Batulicin dan Puskesmas Pagatan, sedangkan strain EPEC dan EAEC ditemukan pada 1 sampel (0,07%) yang sama dari Puskesmas Pagatan. Strain EHEC tidak terdeteksi di semua sampel. Strain Diarrhogenic E. coli yang ditemukan pada penelitian ini adalah EAEC, ETEC, dan EPEC. Namun demikian, belum dapat dipastikan bahwa ketiga strain DEC tersebut merupakan penyebab penyakit diare, perlu ada penelitian lebih lanjut. Masyarakat hendaknya dapat meningkatkan kesadaran akan pentingnya perilaku hidup bersih dan sehat terutama dalam mengkonsumsi makanan dan minuman, sehingga diharapkan mampu menekan angka kasus diare.